上海交通大学自动化系隶属于
上海交通大学电子信息与电气工程学院，是控制科学与工程一级学科依托的实体单位，目前拥有控制科学与工程一级学科博士学位授予权，控制科学与工程博士后流动站，以及控制理论与
控制工程和模式识别与智能系统两个国家重点学科。同时还是
上海市优化与控制软件工程技术研究中心的依托单位。
上海交通大学自动化系目前有正式教职工84人，其中教授24人，副教授及
高级工程师38人，讲师8人，实验室与行政人员14人，具有博士学位的教师已有49名，另有博士后研究人员8人。
主要研究方向包括复杂系统与控制理论、工业过程控制与优化、智能机器人、
计算机集成制造、控制与网络技术集成、智能检测技术与装置、航空
航天信息处理与控制、智能交通与交通安全性、生物特征识别与应用、图像处理与计算机视觉、
燃料电池等。