舟山群岛新区管理委员会是浙江舟山群岛新区的行政管理机构，是浙江省人民政府的派出机构，与中国共产党浙江省委员会的派出机构中共浙江舟山群岛新区工作委员会合署办公，党工委、管委会行使省级经济管理权限。党工委、管委会办公室与中共舟山市委办公室、舟山市人民政府办公室合署办公，实行“三块牌子、一套班子”。

2011年6月30日，国务院批复设立浙江舟山群岛新区。

2013年1月17日，国务院批复《浙江舟山群岛新区发展规划》。

2013年3月27日，中共浙江省委员会、浙江省人民政府在舟山市举行舟山群岛新区建设动员大会，浙江舟山群岛新区管理委员会和工作委员会正式挂牌成立。

浙江舟山群岛新区党工委管委会办公室（简称新区办公室）。市委办公室、市政府办公室与其合署办公，实行“三块牌子、一套班子”。将市委政策研究室的职责、市政府办公室的政策研究(经济研究)职责整合，组建浙江舟山群岛新区政策研究室，挂市委市政府政策研究室、市经济发展研究中心牌子。将市委办公室、市政府办公室的督查职责整合，组建舟山群岛新区督查考核办公室，挂市委市政府督查考核办公室牌子，由新区办公室管理。

将市口岸海防管理和打击走私办公室调整为浙江舟山群岛新区口岸与海防管理办公室，挂市口岸与海防管理办公室牌子，由新区办公室管理。

•浙江舟山群岛新区新城管理委员会

•浙江舟山群岛新区普陀山——朱家尖管理委员会。舟山市普陀山风景名胜区管理委员会与其合署办公。

•浙江舟山群岛新区金塘管理委员会

•浙江舟山群岛新区六横管理委员会

•舟山群岛新区海洋产业集聚区管理委员会。舟山经济开发区管理委员会与其合署办公。

•舟山港综合保税区管理委员会

浙江舟山群岛新区发展研究院，为相当于正县（处）级事业单位，由浙江舟山群岛新区党工委管委会办公室管理。将原由市旅游委员会管理的浙江海洋旅游研究院职责整合到浙江舟山群岛新区发展研究院，并在浙江舟山群岛新区发展研究院挂浙江海洋旅游研究院牌子。

中国（舟山）海洋科学城建设管理局，为相当于正县（处）级事业单位，挂中国海洋科技创新引智园区管理中心、中国海洋科技国际创新园、市科技创意研发园区管理中心牌子，由新城管理委员会管理。

将市委市政府接待办公室由市政府直属的相当于正县（处）级事业单位调整为相当于副县（处）级事业单位，由新区办公室管理。

浙江舟山群岛新区管理委员会驻北京联络处，挂招商引资服务中心牌子，由市政府办公室管理。

浙江舟山群岛新区管理委员会驻上海联络处，挂招商引资服务中心牌子，由市政府办公室管理。

浙江舟山群岛新区管理委员会驻杭州联络处，挂招商引资服务中心牌子，由市政府办公室管理。

孙景兼任舟山群岛新区党工委书记、浙江舟山群岛新区管委会主任；周江勇兼任浙江舟山群岛新区党工委副书记、浙江舟山群岛新区管委会副主任。