蓝厂清真寺是北京的清真古寺之一，始建于明万历年间，位于颐和园南门外2公里，京密引水渠（古南长河）西岸，寺院前后两重院落。

蓝靛厂清真寺始建于明万历年间，位于颐和园南门外2公里，京密引水渠（古南南长河）西岸，寺院前后两重院落。高高的古柏树静静的树立在大殿前面，在四周高楼大厦的映衬下显得格外的清静古朴。

寺内保存一本《清真大典》，大典由阿拉伯语和文言文记载了清真寺的变迁。据记载，蓝靛厂清真寺始建于明朝万历年间，有寺前古柏为证，1979年被海淀区政府命名为文物保护单位。据考证，古柏是距今400多年前的明朝万历年间建清真寺时栽下的，原本为两颗，文革期间寺院被当地生产队占用不慎毁掉一个，现被毁古柏用一株紫藤缠绕。由于当时人为地破坏和年久失修，旧寺以岌岌可危，2005年在海淀区政府的协调下，各方筹资蓝靛厂清真寺得以翻建，并于2009年初建成使用，也使其得以恢复原貌。

目前，蓝靛厂清真寺内现存有清代光绪年间完成的手抄本《伊斯兰教圣经》，已成为稀世珍宝；寺内主殿里装饰用的砖雕据考证为阿拉伯语艺术体，为北京首见；大殿前明末的古柏，历史悠久。三者并称为寺内三宝。不幸的由于历史原因蓝靛厂清真寺的许多历史资料大都没有得到完好保存。

蓝靛厂清真寺坐西朝东，整体为砖木结构，青砖、灰墙、青瓦、红漆门窗及汉白玉台阶，设计的相得益彰，为中原地区典型的两进庭院式建筑，地面由青砖铺就。寺门内为前进院落，主要是洗浴室及厨房、餐厅。正对四门为一座垂花门，南北两侧为附属用房。垂花门内布局很简单，是主殿、女殿、办公室及阿訇休息的地方。大殿为院内主要建筑，正面朝东，两侧各三间厢房相对而立，与垂花门围合成一座绿荫、房屋双重拥抱的圣地。