孢子虫病是由一种叫微小隐孢子虫属 ( Cryptosporidium parvum ) 所引起的传染病，而其他品种的隐孢子虫亦偶然会引起此病。病征通常于感染后7天左右出现，包括腹痛、水泻、呕吐及发热。大部份患者的病征持续6至10天，但亦有可能会持续数星期。

孢子虫病由原生动物孢子虫纲的粘孢子虫寄生在鱼的鳃部或体表上。

粘孢子虫主要寄生于锦鲤的鳃部和体表。白色包囊堆积成瘤状，包囊寄生部位引起鳃组织形成局部充血呈紫红色或贫血呈淡红色或溃烂，有时整个鳃瓣上布满胞囊，使鳃盖闭合不全，体表鳞片底部也可看到白色包囊。病鱼极度瘦弱，呼吸困难，缺氧而致死。

主要危害1、2龄锦鲤，可引起大批死亡。

粘孢子虫一般寄生在体表和鳃上，肉眼可看到包囊。取出锦鲤鳃上或体表胞囊内含物放在载玻片上，加少量水在显微镜下观察，可发现大量充满视野的粘孢子虫的孢体，形态呈卵形或椭圆形、扁平，前端有2个极囊，等大或不等大，即可确诊。

1.放养前池塘要排尽水，清理过多的淤泥，有条件的池塘进行冬季晒塘。

2.在锦鲤放养前10～12d，每亩用6.5kg漂白粉和100～150kg生石灰化水全池泼洒，这样可杀灭淤泥中的孢子，以减少此病发生。不能从发病的鱼场购买苗种，以减少发病机会，降低发病率。

1.用C型鱼用灭虫灵(鱼用溴氰菊醋溶液)全池泼洒使池水呈0.02×0.000001浓度，每d1次，连续3次。

2.用(400～500)×0.000001浓度的高锰酸钾溶液浸洗病鱼25min(水温在15℃左右)，具体浸洗时间视鱼的活动状况而定，每d1次，连续3次。