蚌埠市铁路中心医院隶属中国铁路上海局集团有限公司蚌埠铁路分局，始建于1949年12月，是该分局卫生系统的医疗、教学、科研以及人才培训中心，也是全国铁路系统建院最早的医院之一。

蚌埠市铁路中心医院在上海铁路局乃至皖东北地区为规模较大，技术力量较强，医疗设备先进，学术水平较高，融医、教、研、防于一体的综合性医院。2000年5月与蚌埠医学院建立了非直属附属医院关系，冠名为“蚌埠医学院第二附属医院”。随着铁路的改革，2004年该院分离出了铁路系统，2004年8月19日，根据皖政秘[2004]91号文件，蚌埠铁路中心医院正式移交蚌埠医学院管理，成为其直属附属医院，正式更名为“蚌埠医学院第二附属医院”，进入安徽省直事业单位管理序列。