故事从那个昏君当道、奸弄权的时代说起：为讨好恋色皇帝换得朝野势力，被贬至江陵的秦淮王爷在王府总管夏梦海的谋划下，肆意掳掠民间少女进献。画师林欢（林扬饰）流落市井，痴迷于神笔的传说，渴望出人头地，成为神笔大侠。一次偶然机会，林欢与好友白泽（高昕饰）卷入王府的阴谋之中。期间，林欢与青梅竹马的善雨（
翟艺舒饰）重逢，再生情愫，却不料善雨身陷危机。为救心上人，林欢拜师神笔大侠，与秦淮王府展开一系列的斗智斗勇，逐渐发现隐藏在王府内的惊天阴谋。秦淮王府到底意欲何为、神笔大侠又身负何情、为对抗阴谋、拯救苍生，林欢与反派展开殊死一战，最终又独自一人漂泊而去。
《神笔奇侠传》是架空历史朝代，美术服化风格以
明朝为基准，既有《绣春刀》式的冷硬凛冽，又有《猫妖传》式的精致华美。