《汤姆·克兰西的细胞分裂：本质》将玩家深深引入《细胞分裂》的传奇中。《本质》的任务和目标都是为PSP系统专门定制的，《本质》的剧情将引入全新的、在旧作中和新作（《
双重间谍》）中从未公布过的故事。在得知他的女儿的死讯之后，
德里克·费舍尔就销声匿迹了。当本土安全特工发现费舍尔在
新奥尔良的时候，他们最担心的事情被证实了。监视照片显示，费舍尔与国内恐怖组织头子Emile Dufraisne所领导的团伙混在一起。第三梯队想要知道：为什么他们最为优秀的特工放弃了自己数十年的特工生活，去加入了恐怖组织？当费舍尔为自己辩护的时候，他说出了一些不为人知的秘密……
《细胞分裂：本质》针对掌机（新闻、俱乐部、论坛）的特点，设计了具有未来感的新型游戏模式，并且针对PSP的屏幕专门设计了独特的游戏界面。《细胞分裂：本质》从《
双重间谍》的末尾开始，但是采用倒叙的手法展开
剧情FISHER的女儿死与车祸后，FISHER被情报机关发现与国际恐怖集团开始密切联系。在FISHER返回
美国为女儿扫墓时FBI将其抓获并带回审问。剧情就从审问过程切入，以FISHER的回忆开始游戏。场景更是从跨越全世界，从1992年FISHER在
哥伦比亚服役于美国海豹小队（SEAL）就开始了，玩家更可以借此回顾下FISHER武器装备从普通到先进尖端的变化以及FISHER年龄增长带来的外貌差异
这是游戏的较早的一个任务，发生在1992年，此时费舍尔在美国海军海豹突击队服役，优先加入了第三梯队。费舍尔的队友Shetland，在一次与哥伦比亚政府军协同作战对付毒品组织的战斗中被俘，费舍尔没有服从上级的命令，孤身一人前往毒枭的巢穴营救自己的队友……
你如果玩过旧作的话，你会对这个任务似曾相识。“石油钻台”是根据《细胞分裂》旧作的改编的两个任务之一。这个任务对故事情节的推动起了关键作用，该任务发生在“
哥伦比亚”任务之后12年，也就是2004年。在审问中，
德里克·费舍尔对这个任务的描述很有意思。此时是《混沌法则》之前的几年，费舍尔根据国家安全局的命令，寻找并且审讯一名恐怖分子，而且国家安全局要求费舍尔必须用最小的动静来完成一切。
这在《混沌法则》之前的一年，也就是2006年，萨姆必须潜入一家位于
印第安纳州的
华沙的钢铁厂中。他需要调查一起非法武器交易，其中就有从第三梯队盗取的武器。忍耐着工厂内的高温，
约翰·费舍尔将要与恐怖分子和以权谋私的科学家展开较量。
此时，2008年女儿的死亡改变了
克劳斯·费舍尔的一切。这对《本质》是最至关重要的一个事件。“墓地”是游戏的第一个任务。