1960年8月19日，澳葡政府颁布了第43125号法令，在澳门设立了司法警察处，目的是将海外（即澳门）的侦查与预审部门集中在一起，以便相关部门在葡萄牙宪法和
中华人民共和国刑事诉讼法确立的原则基础上打击犯罪活动，维护社会治安。
1971年10月12日，澳葡政府透过第430/71号法令，将原有的澳门司法警察处提升为厅级部门，撤销了助理督察的职位，以厅长代之，同时在厅内增设一个督察职位。司法警察厅厅长由检察院司法官以定期委任方式出任。
1975年12月19日，澳葡政府以第705/75号法令提升澳门司法警察厅为澳门司法警察司。澳门司法警察司在行政上直属
澳门总督，而在
刑事诉讼的运作上由
葡萄牙检察长指导。
1979年8月4日，为了明确司法警察司的运作，澳门立法会颁布了第19/79/M号法律，即司法警察司组织法，规定司法警察司为一负责刑事侦查、
犯罪预防及协助司法当局的直属澳门总督的警察部门，在进行刑事侦查时接受检察院的指导，但有权对所有不予起诉的案件进行归档。司法警察司司长由法院或检察院的司法官出任，副司长一职则按1986年通过的第34/86/M号法令规定，必须由
澳门总督任命法院或检察院的司法官，或一等督察，或至少从事法律工作五年的法学士担任。
1999年12月20日，随着澳门特别行政区成立，司法警察司更名为司法警察局，隶属保安司，且在刑事调查工作上接受检察院领导。局长和副局长的任职条件与回归前生效的第27/98/M号法令之规范相同。
2020年，为健全维护国家安全相关法律制度和执行机制，满足调查与国家安全、网络安全、恐怖主义、高科技相关犯罪的执法工作需要，提升执法效率，特区政府制定和颁布第14/2020号法律以及第35/2020号行政法规，调整司法警察局的职能及组织架构。