中国健康扶贫工程是由
中国初级卫生保健基金会与
中国红十字基金会共同发起的一项大型公益活动，自2002年2月1日起实施，计划持续十年。该工程得到了包括中共中央统战部、
中国农工民主党中央、卫生部等多个党政部门的支持。
中国健康扶贫工程旨在通过一系列公益服务项目的开展，促进中国基层及农村贫困地区医疗卫生保健事业的发展，缩小城乡之间的健康差距，提升弱势群体的生活质量。这一工程的目标是减少疾病的发生，提高居民的整体健康水平，从而逐渐消除因病致贫的现象。自启动以来，工程以“维护居民健康”为核心，重点关注预防为主的策略，针对影响城乡居民健康的各种因素进行了深入分析，并结合实际情况，筛选出了多项适宜的技术和干预措施。这些努力已经惠及了全国29个省份，超过800个县市区的人口，实现了约20亿元的公益规模。
2006年1月14日，中国初级卫生保健基金会与
北京大学医学部合作成立了“全国社区疾病防治中心”，该中心致力于推广社区卫生服务，并指导农村基层医疗机构开展疾病普查工作。同年4月22日，双方在北京人民大会堂举办了“社区疾病防治项目启动仪式”。
为了提高妇女的健康水平，特别是关注农村地区妇女的健康状况，中国健康扶贫工程特别设立了妇女病普查普治项目。该项目自2004年起在安徽省等地进行调研，并于2005年在
广西壮族自治区鹿寨县试点，随后在全国范围内推广。至2008年底，已经在24个省的237个县市开展了相关工作。
截至2008年底，中国健康扶贫工程在全国26个省市自治区的100余个地市和400余个县市区开展了上消化道疾病普查项目，覆盖人口达到2.2亿人。在此过程中，基金会提供了大量的普查药具和物品，并直接资助了运作经费。
截至2008年底，中国健康扶贫工程资助了多次卫生局长、卫生院长培训班，并以多种形式资助培训了10,000余名卫生局长和院长。此外，还资助了专科技术培训，并发放了大量的科普读物和专业杂志。