羊肚菌科（学名：Morchellaceae）是
子囊菌门盘菌目的一个科，由
德国生物学家路德维希·赖兴巴赫于1834年描述发表，模式属为
羊肚菌属。
羊肚菌科的
子囊果大而具柄，常有海绵状或钟罩状的菌盖，子囊柱形，含孢子2～8个，常为8个。羊肚菌科的孢子椭圆形，平滑，无色，多核，无油滴，但在其两端的造胞剩质中含有大量的小油滴。
羊肚菌科常见属有皱盘菌属、
钟菌属和羊肚菌属。羊肚菌属的子囊果具粗柄，有凹陷和脊突的菌盖，
子实层着生在子囊果上部的凹坑内，状似海绵，是重要的美味食用菌。中国常见的有粗柄
羊肚菌属、鲜羊肚菌、普通羊肚菌等8种。