南京大学电子商务系成立于2001年，下设电子商务专业实验室，设有电子商务和管理信息系统的硕士方向及电子商务本科专业。全系现有在编教师11名，其中教授2名，副教授4名，讲师5名，所有教师均具有博士学位。电子商务系系以教育部倡导的培养跨学科专业人才为宗旨，始终把培养经济管理与信息技术相融合的宽口径创新型电子商务应用人才作为根本目标，构筑以实验教学、理论教学和实践教学为一体的高层次电子商务人才培养教学体系，旨在培养出具有扎实的经济管理与现代商务理论与知识、能够掌握电子商务运作基本原理并熟练运用信息技术从事电子商务领域的应用、管理和研究的高级复合型人才。

近3年来（2007.9-2010.9)，电子商务系教师共主持电子商务相关的国家自然科学基金项目7项，教育部人文社科项目3项。与此同时，电子商务系还承担大中型企业的管理咨询和电子商务系统开发项目，出版了一批高水平的专著和教材，并于2005年获得国家级优秀教学成果奖二等奖。为加强学生的国际化视野，电子商务系与香港城市大学咨询管理系签署了对等交换生计划（每年互派3-5名学生到对方学习，除此之外本系学生还可参加其它南京大学组织的交换生计划）。

本专业在课程设置方面充分贯彻厚基础、宽口径的办学思想，同时强化学习能力培养。在宽厚的经济学、管理学以及信息技术基础知识的基础上，设置的专业主干课程有：电子商务原理、互联网技术与网络安全、在线银行与电子支付、电子商务物流管理、网络营销与CRM、电子化采购与B2B、ERP原理与应用、网站设计与开发、电子零售与消费者行为、电子商务系统开发与管理等。本专业毕业生能够在IT、制造、贸易、物流、咨询、电信、银行、证券、教育等行业及政府机关从事电子商务应用模式的策划与咨询，电子商务业务的运营与管理、电子商务系统的设计与开发、以及相关的科学研究等工作。