钦州军分区的前身为
广东省钦廉军分区、广西钦县军分区、钦州军分区，几经变革于1965年8月重新建立至今，是
钦州市的军事领导指挥机关，隶属广州军区广西军区建制，为正师级单位，同时是中国共产党钦州市委员会的军事部兼
钦州市人民政府的兵役工作机构，接受广西军区和中共钦州市委员会、钦州市人民政府双重领导。
1950年10月1日，广东省钦廉军分区在合浦北海镇（今
北海市）成立，辖独立第二十四团和4个县大队。后组建独立第二十五团，抽调1个连驻守海岛为海防连。
1951年1月1日，钦廉军分区及海防大队划归
广西壮族自治区。9月，改称钦县军分区。第四六0团调归钦县军分区领导。
1959年1月，钦州军分区并入
广东省湛江军分区。1965年8月重建钦州军分区，隶属广西军区，辖7个县(市)
人民武装部及守备部队、海岛独立守备营、北海水上运输队、合浦独立五营、东兴指挥所。11月，海岛独立守备营扩编。