存在于绿色硫细菌的叶绿素中，与光合作用中光能的吸收和转换有关系。菌绿素a是红色光合细菌中起主要同化作用的色素，在绿色光合细菌中也有少量存在。菌绿素b存在于和荚硫菌属（Thiocap-sa）的细菌中。菌绿素a和b的基本结构是四氢
卟吩。菌绿素c[又称
绿细菌科叶绿素-660（
绿菌属 chloro-phyll-660）、菌绿胶（bacterioviridin）]和菌绿素d（绿硫菌叶绿素-650），与少量菌绿素a同时存在于绿色的光合细菌中，它们都可各自分成多种结构极近似的成分。菌绿素c和d，与茵绿素a和b类似，可以看成是
二氢卟吩的衍生物，但是前者不能和
叶绿醇形成、而是和法泥醇（C15H25OH）形成酯。菌绿素的光吸收带，在活细胞中较之在有机
溶剂中，更偏向长波长区。例如茵绿素a在
乙醚中主要
吸收带在357.5和770纳米波长处，而在活细胞中，变成在380，890，870，850，800纳米附近表现极大的光吸收。各种起同化作用色素吸收的光能只有通过菌绿素（近红外光区的吸收带在最长波长处的形式）后，才能被利用。