2006年举行了第二届“高等学校教学名师奖”的评选活动。2007年1月，教育部和财政部共同发布文件，宣布实施“质量工程”，并将“高等学校教学名师奖”评选工作纳入其中。自此，该奖项的评选频率从之前的每三年一次调整为每年一次。
“高等学校教学名师奖”的参选对象限定于普通高校和军队院校中担任本科及以上层次教学工作的全职教师。对于本科教学领域的教师，要求其至少连续三年以上（包括三年）教授基础课程，并在人才培养方面有重要贡献。而高职教育领域的教师则应具备“双师型”资格，即同时拥有教师和工程师的身份，并在相关企业有过不少于三年的技术服务或研发经验，且最近三年内仍在企业有所作为。此外，参选教师的年龄一般不限制，若已退休，则需提供所在学校的返聘证明。每届奖项的表彰名额为100人，其中97人为普通高校教师，其余3个名额分配给军队院校教师。
“高等学校教学名师奖”的评选过程分为三个阶段：首先，各高校和地方教育部门在完成校级和省级的教学名师奖评选后，向国家层面推荐候选者。随后，进入省级
教育行政部门推荐、同行专家在线评审以及会议评审环节。