玉河是元代通惠河在元大都的一部分，什刹海至前三门的河段，也被称为“御河”。玉河是大运河的一段，由郭守敬于1293年主持修建。玉河主要用于漕运，元代称通惠河，明代以后改称玉河。明代以后，漕运逐渐衰败，玉河就作为一条内河长流在京城。1956年玉河全部改成了暗渠，玉河从此消失。2006年“北京玉河历史文化恢复工程”启动，恢复了七百年前的古玉河河道480米。

玉河原是元朝开凿的通惠河位于宫城东侧的一段河道。元大都城内的积水潭是通惠河漕运的终点码头。白浮泉水自积水潭向东南，流经澄清闸、万宁桥（地安桥，俗称“后门桥”）、东不压桥、北河沿、南河沿出皇城，过北御河桥（原址在今贵宾楼饭店西南侧），沿台基厂二条、船板胡同、泡子河入通惠河。

2000年结合万宁桥（后门桥）的修缮，恢复了玉河的起端河道，并在万宁桥西增建了一座汉白玉三孔石拱桥（后来命名为金锭桥）。此次修复万宁桥，将万宁桥下原来已经改为暗河的玉河恢复为河道，河水自什刹海前海东端出水口处开始，流至万宁桥东侧不远处。万宁桥以东恢复的河道非常短。

2005年起东城区人民政府启动了玉河改造工程。2009年9月玉河北段（万宁桥北河沿大街）改造工程结束。此次恢复的河道总长度为480多米，基本按照明朝时的河堤宽度修缮，在河南省端的东不压桥北侧的玉河庵被修缮，作为北京玉河遗址博物馆的馆址。元朝及明朝旧有的河堤，在此次修缮中发现后，被保护性回填，新河堤按照原有河堤的旧貌兴建。在玉河河道上，还修复了雨儿桥、福祥桥。

2000年代在玉河改造工程中，对万宁桥和地安门东大街之间的玉河进行了发掘，清理出了元朝通惠河堤岸、明朝玉河堤岸及其河道、清朝玉河堤岸及其河道、东不压桥及澄清中闸遗址、两座便桥遗址、玉河庵遗址、码头遗址及排水道等遗迹，出土了玉河庵碑、银锭锁、瓦当以及陶器（陶片）、瓷器（瓷片）等文物。这次玉河改造工程也引起了很多争论。原因是此次工程拆除了河道以外的大片原有的四合院，并新建了许多高档四合院，成为房地产开发项目。

据2012年的报道北京玉河遗址博物馆的标牌已立在新建的跨河木桥桥头，门前的浮雕已就位，博物馆内外的各项收尾工作正在进行中。该博物馆占地面积大约600平方米，主要展示玉河的历史变迁，考古成果。2013年“玉河故道”作为大运河北京段的一部分，被并入全国重点文物保护单位大运河中。“玉河故道”包括澄清上闸（含万宁桥）、澄清中闸（含东不压桥）。

《元史·郭守敬传》载：“通州至大都，陆运官粮，岁若干万石，方秋霖雨，驴蓄死者不可胜计，至是皆罢之。三十年，帝还自上都，过积水潭，见舻蔽水，大悦，名曰通惠河，赐守敬钞万二千五百贯，仍以旧职兼提调通惠河漕运事。守敬又言：于澄清闸稍东，引水与北坝河接，且立闸丽正门西，令舟得环城往来。志不就而罢。”