矮黑三棱（学名：Sparganium natans L.）为黑三棱属下的一个种，是一种多年生水生或沼生矮小症草本。主要分布在黑龙江省、内蒙古自治区、四川省等省区，同时在原苏联、欧洲及北美洲也有分布。

多年生水生或沼生矮小草本。块茎较小；根状茎细弱，横走。茎斜卧水中，稀直立，长1.5-20厘米，细弱。叶片扁平，长20-25厘米，宽约4毫米，先端渐尖，基部鞘状，边缘膜质，浮水或挺水。花序穗状，稀总状，长2-3.5厘米；雄性头状花序通常1(-2)个，靠近雌性头状花序，但不相接；雌性头状花序2个，稀3个，下部1个雌性头状花序具总花梗或否；雄花花被片长约1.5毫米，膜质，先端不整齐，或浅裂，花药长0.8-1毫米，矩圆形，花丝长约2毫米，丝状；雌花被片长约2毫米，先端浅裂至深裂，近匙形，膜质，柱头长0.8-1毫米，单侧，花柱短粗，或多少细长，子房长1-1.5毫米，披针形，具短柄，或无。果实宽披针形，褐色，无棱，向上渐尖，基部具短柄，花被片宿存于果柄基部。花果期7-9月。2n=30。 外部形态近于无柱黑三棱，但植株矮小症，基部倾斜，或多少直立，叶片较宽，雄性头状花序只有1个，花序很短，花柱明显存在。

矮黑三棱生长于海拔高达3 441米的高寒地带水域中。产自黑龙江省、内蒙古自治区、四川省等省区。原苏联、欧洲及北美洲均有分布。