林宝军在1979年9月到1991年6月期间，在
吉林工业大学完成工学学士、硕士、博士学位。2009年，林宝军担任新一代北斗导航卫星研发团队负责人。2011年林宝军任北斗卫星系统总设计师（中科院团队）。2015年，林宝军带队完成的
北斗三号卫星首发星成功升空入轨，2018年，林宝军的团队一年中将八颗北斗卫星成功送入太空。2021年1月，林宝军的图书作品《基于功能链的导航卫星系统工程》在
科学出版社出版。
林宝军是中国载人航天工程"
国家科学技术进步奖特等奖获得者，曾获得部委级科技进步1等奖、部委级科技进步2等奖、北京市科学技术奖2等奖。2004年3月获中国科学院参加载人航天工程突出贡献者荣誉称号。2020年8月26日，林宝军入选上海“最美科技工作者”名单。
林宝军于1963年2月出生于吉林省
松原市。林宝军在1979年9月至1983年6月期间，在
吉林工业大学完成了他的工学学士学位。然后，他继续深造，在1984年9月至1987年9月期间，在吉林工业大学获得了工学硕士学位。最后，他继续在吉林工业大学攻读博士学位，并从1987年9月至1991年6月期间完成了他的博士学位。2004年3月获中国科学院参加载人航天工程突出贡献者荣誉称号。2007年2月，林宝军获中华人民共和国国务院政府特殊津贴。
林宝军2009年从北京来到上海，担当
新一代北斗导航卫星研发团队负责人，林宝军已拥有丰富的卫星空间应用总体工作经验。2011年林宝军任北斗卫星系统总设计师（中科院团队），带领团队提出了功能链设计理念，攻克了50多项关键技术，研制了全新的专用导航卫星平台，主持完成了包括北斗三号首发试验星在内的北斗三号2颗试验星和10颗组网星的研制和发射任务。林宝军被《
科学中国人》《
中国科技奖励》《
创新中国》杂志社推选为2011中国科技与经济论坛暨科学中国人2010年（第九届）年度人物。2015年，林宝军带队完成的
北斗三号卫星首发星成功升空入轨，2018年，林宝军的团队，一年中将八颗北斗卫星成功送入太空，助力北斗三号系统创下世界卫星研制和发射的历史纪录。
2020年8月26日，上海“最美科技工作者”名单公示，林宝军入选。2021年1月，林宝军的图书作品《基于功能链的导航卫星系统工程》在
科学出版社出版，该书介绍了林宝军25年航天工程研究及实践经验的总结。2023年8月31日，林宝军入选2023年中国科学院院士增选有效候选人名单。林宝军还担任
北斗三号卫星系统总设计师。
林宝军主持完成了国家自然科学基金项目"球载空间望远镜姿态指向智能控制系统"和
神舟二号飞船和
神舟五号应用系统船载设备的研制、电性能综合测试、整船总装测试、发射场总装测试发射工作及飞行试验工作，均获得圆满成功。林宝军负责并完成了天文卫星HXMT预研项目中卫星工程系统的预研和神舟二号飞船中X射线探测器数据采集及管理系统研制。林宝军建立了飞行器运控模式仿真系统并完成了神舟二号到五号运控方案及飞行程序设计；筹建了总体设计仿真实验室。
林宝军主持并开展了飞船应用系统总体技术 方案设计、优化，四艘船桌面联试的组织及实施，内外技术协调，接口规范研究、制定，运行模式研究，大型试验的准备、组织及技术方案的制定等项工作。林宝军作为项 目负责人主持开展了院重大项目"小卫星及关键技术研究"实施方案及项目可行性论证工作；参加了 "小型月球探测器系统总体技术"，负责完成了月球轨道卫星总体方案及各主要分系统方案设计。参与了 "空间实验室大系统论证"工作，并主笔编写了大系统论证报告；还参加了双星论证等工作。
截至2024年1月24日，
中国科学院微小卫星创新研究院显示林宝军共培养博士研究生21名，其中已毕业13名。培养硕士34名，其中已毕业29名。
2024年1月18日，
中央广播电视总台“《金牌新字号》2023年度盛典”在北京成功举办。
北斗三号卫星系统总设计师林宝军等作为“年度创新榜样”出席盛典现场，并发表讲话。