2013年10月，市委、市政府决定将仙游师范学校并入莆田学院。11月，成立了仙游校区管委会和基础教育学院，并在2014年从莆田学院新增工艺美术学院、数学学院、文化与传播学院、管理学院。

位于鲤城北部客山公园西侧的新校区，规划总用地面积344388平方米，总建筑面积169800平方米，项目总投资约3.903亿元。一期建筑面积为110000平方米，二期建筑面积为59800平方米，建成后可容纳在校生7000人。校区拥有行政楼、图书馆、体育场、景观桥、学生宿舍楼、食堂、两栋公租房、围墙、体育活动场所、地下管网、校内主要道路和部分绿化项目等工程，已完成建筑面积为57197.5平方米。