三域系统是由卡尔·乌斯(Carl Woese)在1977年提出的细胞生命形式分类，将原核生物分成了两大类，起初称为真细菌（Eu细菌界）和古菌（Archaebacteria）。Woese依据16S rRNA序列上的差别，认为这两类生物和真核生物一起从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别演化而来，因此将三者各置为一个“域”（Domain），作为比“界”高一级的分类系统，并分别命名为细菌域（细菌界）、古菌（古菌）和真核生物（Eukarya）。

然而，rRNA树有可能将演化太快的类群放错位置（比如微孢子虫）。有人认为生物的根应该在真细菌之内，很多真细菌的类群在古菌之前分支出来，很晚古细菌和真核生物才彼此分开。

Woese依据16S rRNA序列上的差别﹐认为这两组生物和真核生物从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来﹐因此将三者各划为一类﹐作为比界高的分类系统，称作“域”(Domain)或者“总界”(Superkingdom)。1990年，Carl Woese为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，又把 三域目前这三域改称为细菌(细菌界)﹑古菌(古菌)和真核生物(Eukarya)。

然而﹐核糖核酸树有可能将进化太快的类群放错位置(比如微孢子虫)。有人认为生物的根应该在真细菌之内﹐很多真细菌的类群在古菌之前分支出来﹐很晚古细菌和真核生物才彼此分开。