短小芽孢杆菌（拉丁名：
芽孢杆菌属 pumilus）为芽孢杆菌目、
芽孢杆菌科、短小芽孢杆菌属。饲用微生物菌种，适用于猪、
鸟纲、
反刍亚目，也适用于鱼、虾等水产动物。可防治小麦根腐病、草莓
灰葡萄孢。
短小芽孢杆菌呈杆状，圆末端，单个或呈短链排列，1.2～1.5×2.0～4.0微米。能运动，革兰氏阳性，
芽孢1.0～1.2×1.5～2.0微米，椭圆形，中生或次端生。该菌能
水解淀粉，降解
甘露聚糖、
木聚糖、
纤维素等。
B. pumilus存在半透明型和不透明型两种不同的菌落形态，对两种菌落分别进行传代，半透明菌落能产生半透明和不透明型菌落，且基本各占一半。而不透明菌落在传代过程中只产生少许的半透明菌落，且传至第4代时半透明型菌落消失。