电影主要讲述了青年女作家刘音与年轻女大学生之间的一段错综复杂的爱情故事。可以说是中国经典的女版“断臂”作品。与唐代的风流才女鱼玄机有很多相似之处。“女性同性恋的一切是建立在纯粹的感情基础上的，没有传宗接代的私欲，也没有性欲上的放纵”是电影中的经典台词。
刘音是一位成功的作家，她和男友住在北京。她对自己的恋情感到不满，并因男友的占有欲和嫉妒而感到窒息。她决定休息一下，去
四川省的一个风景秀丽的城镇巫山旅行，在那里她遇到了一名年轻的大学生导游。这两个女人瞬间被对方吸引，开始了一段充满激情的恋情。他们的浪漫并非没有障碍。刘音的男朋友跟踪她到巫山，并试图赢回她的心。这位大学生保守的父母不赞成她与刘音的关系，并迫使她嫁给一个男人。这两个女人还面临着当地人的歧视和骚扰，他们对她们的非传统爱情抱有敌意。
两人结局以悲剧收场，云在刘音的怀抱中走完了自己的人生旅程。云在《除却巫山》里临终前说的最后一句话“女性同性恋的一切是建立在纯粹的感情基础上的，没有传宗接代的私欲，也没有性欲上的放纵”
导演钟强为选合适的女主角就足足花了两年的时间。在一个很偶然的机会，导演钟强遇到了
邓家佳，导演第一眼看到邓家佳后，就觉得邓家佳“神情里有让人震撼的力量”，毫不犹豫地决定用邓家佳。邓家佳表示：“《除却巫山》吸引我的不是“断臂”这个题材，主要的是剧本很好，导演钟强是一个很好的导演，
彭丹等剧组演员也是我喜欢的演员，这是我加盟剧组的关键。”
导演钟强和制片人表示“彭丹的可塑性太强了，她的表演极富张力”。彭丹坦言说，这也是她从艺多年来第一次接触女同性恋题材的影视作品，但是为了观众，为了艺术，她愿意尝试更多不同题材的作品，丰富自己的演艺道路，从而感谢多年来一直支持她帮助她的朋友们。
邓家佳在《除却巫山》里有很多大胆演出的镜头，更有不少同性激情戏，网上曝光的剧照给邓家佳带来了很多困惑，也引起了不少非议，对此邓家佳也很无奈，但同时也表示自己既然接拍了这部电影，她就做好了充分的思想准备，对于电影里的裸露镜头，邓家佳表示那是影片的需要，她是一个很有原则的演员，只要艺术需要，她会甘愿奉献自己的一切，只是她表示自己在接拍影视剧时很苛刻，在《除却巫山》里，邓家佳是从影以来做出的最大牺牲，但她认为一切都是值得的，作为一个演员，为了角色，可以牺牲自己。
邓家佳在接受记者采访时表示她在拍这部电影时，几乎是一路哭着拍摄的，她觉得同性之爱面对着太多的压力，社会的舆论往往无情地拆开相爱的人。她在影片中的演出以及出色的演技受到导演称赞。
导演为了让两人先培养感情，特意让邓家佳手捧鲜花去迎接
彭丹。
邓家佳因拍《除却巫山》遭到女同性恋追捧，在她们眼里，邓家佳在电影里面的角色几乎就是她们的真实写照，所以在邓家佳拍戏时，她们经常去探班，给邓家佳带来很多好吃的东西。更多的女同性恋者不能去片场，就给剧组打电话表示对
邓家佳的关注和欣赏。
据有关人士透露，导演钟强2007年携电影《除却巫山》飞往
法国，角逐戛纳电影节的“
金棕榈奖”。该片并未在中国大陆公开上映。
《除却巫山》可以说是中国经典的女版“断背”作品。（
新浪娱乐评）
通过这部电影，希望有更多的人理解同性之爱，她们爱的很纯粹，爱的很持久，只是在巨大的压力面前，最后不得不以悲剧收场。（演员
邓家佳评）
《除却巫山》
刘音这个人物，她的感情世界非常丰富，对爱情的追求也比较执着，她给我的挑战包括对人物的塑造、感情的尺度等等。（演员
彭丹评）