图书馆总建筑面积3080m2，现有中外文藏书22万册，中外文现刊1400余种。1998年建成了“Gdlis图书馆集成管理系统”，馆藏书刊书目数据全部实现了机读化；建成了30机位的
多媒体电子阅览室；拥有
美国国家医学图书馆、CBMdisc和CMCC等网络版光盘数据库和大量的多媒体电子文献，自建有“
济宁市生物医学期刊联合目录数据库”和“高等医学教育专题数据库”。多年来，图书馆致力于自身办馆水平的不断提高，对改善学院办学条件、提高办学水平，培养大学生的情报意识和情报技能，以及为本地区医学信息的传播和交流、医学科学研究课题的立题和鉴定查新作出了重大贡献。
图书馆下设办公室、采编部、流通部、阅览部、医学信息部和技术部。图书馆设有基本书库、夹层辅助书库、教师阅览室、学生阅览室、现刊阅览室、生物医学期刊阅览室和外文阅览室等，所有阅览室和书库均实行全开架借阅，为学院、
附属医院和教学医院的4500余名师生服务。主要服务项目有：书刊借阅、电子文献阅览和网上信息查询、馆际互借，文献复制、文献信息检索、课题查新与鉴定、定题服务、用户培训、解答咨询和期刊装订等。