百山祖镇位于浙江省庆元县城东北部，距县城38公里，北靠景宁族自治县、东接贤良镇、南毗五大堡乡、西邻龙泉市，总面积91.15平方公里。全镇辖17个行政村，31个自然村（17个行政村），镇政府所在地车根村，是丽水市较有代表性的生态旅游重镇。著名的景点有百山祖凤阳山国家级自然保护区、百山祖AAAA级景区、百山祖大树王国三堆村、斋郎红军纪念碑、黄水长桥、合湖石磨、龙岩吴三公故里、黄皮湿地、庆元三堆-景宁洪源庆景古道等。主要特色节日有：三堆迎神节、龙岩市香菇节，三堆合湖田螺节。2020年，常住人口为1683人。

解放以前，百山祖地区古称二都，主要人口聚集村庄为三堆村、合湖村、龙岩村等行政村。

1958年7月，庆元县万里林林场建立。

1980年11月1日，丽水行署批准以万里林林场为基础，划合湖、斋郎公社及后广公社的黄皮、桥陌、车根、桐梓县4个大队建立“万里林工商联合企业”（行政级别相当于区公所）。

1982年5月5日，成立万里林区公所，原“万里林工商联合企业”撤销。

1982年10月，划黄皮、车根、桥陌、桐梓四村建立黄皮管理区，隶属万里林区

1984年5月，原黄皮管理区改制为车根乡，万里林区辖车根乡、合湖乡、斋郎乡。

1992年庆元县实行撤扩乡调整，撤销万里林区设置，合并车根乡、斋郎乡设立百山祖乡。

2013年3月28日，《浙江省人民政府关于庆元县部分行政区划调整的批复》（浙政函[2013]61号）：同意撤销合湖乡、百山祖乡建制，合并设立百山祖镇。

百山祖镇总面积 190.26平方公里，耕地面积 8.73平方公里，山林面积 140.71平方公里，森林覆盖率达88.8%，镇政府所在地车根村。全镇1736人（2017年）  ；2012年，全镇农村经济总收入7749万元，农民人均收入7162元。

全镇辖17个行政村，31个自然村。17个行政村为：

2019年，庆元县行政村规模调整后，百山祖镇由原来的17个村民委员会，调整为9个村民委员会。具体包括：

（一）撤销车根村、黄皮村、桥陌村、桐梓村等4个村民委员会，建立百山祖村村民委员会，村委会驻车根村；

（二）撤销龙岩村、枫坪村、栗洋村等3个村民委员会，建立龙岩村村民委员会，村委会驻龙岩村；

（三）撤销黄水村、黄水岙村、西排村等3个村民委员会，建立黄水村村民委员会，村委会驻黄水村；

（四）撤销黄土洋村、坑底村等2个村民委员会，建立黄土洋村村民委员会，村委会驻黄土洋村。

保留合湖村、三堆村、久住洋村、兰泥村、斋郎村等 5 个村民委员会。

浙江省庆元县县百山祖镇位于庆元县城东北部，距县城38公里，东与景宁畲族自治县和庆元县张村乡接壤、北靠龙泉市和景宁畲族自治县、南与庆元县五大堡乡和贤良镇交界、西与龙泉市交界，是华东地区海拔最高的山区镇，海拔最高处为雾林山（雾林尖）1856.7米，为江浙第二高峰。镇政府所在地车根村海拔1138米，平均海拔为1089米。气候冬暖夏凉，夏季最热月平均气温为22.5℃。

百山祖镇境内森林郁郁葱葱，物种繁多，资源丰富，森林覆盖率达88.8%，龙泉凤阳山庆元百山祖国家级自然保护区横亘其间，自然资源得天独厚，是华东地区最大的自然生物圈。

动植物资源极为丰富：已知种子植物2005种，蕨类植物236种，苔藓植物327种，大型森林真菌256种，其中国家保护的珍稀濒危植物有约40余种。其中，有1987年由国际物种保护委员会（SSC）公布列为世界最濒危的12种植物之一的百山祖冷杉，它是第四世纪冰川气候的残遗物种。野生动物仅脊椎动物就有250余种，昆虫2192种。列为国家保护的有：云豹、虎、黄腹角雉、猕猴、大灵猫、白鹇、大鲵属、中华虎凤蝶等60余种。

百山祖镇是丽水市较有代表性的生态旅游特色镇，全镇自然与人文资源丰富，百山祖4A景区位于其境内，景区内自然环境优越，人文历史独特，地理条件特殊，分布有百山祖冷杉、低碳体验区、神秘百瀑沟、古道杜鹃谷等主要景点十余处，其中云海日出是著名景观之一，因山高雾多，夏日初秋，云海时如蛟龙翻滚，时如烈马狂奔，风平浪静之时，尤如姑娘害羞的脸上蒙着一层薄薄淡淡的面纱，茫茫云海，蔚为壮观，人在云上走，形似神仙游。此情此景可与泰山的日出相媲美，与黄山的云海比高低。除百山祖4A景区外，全镇名胜古迹还有斋郎红军战斗指挥部遗址、龙岩香菇文化村、黄皮上下湖、合湖叠石（又称石磨）、三堆井、一龙三凸、仙人石、亿年硅化石、鬼洞岩、飞阁桥、回龙庙等；民情民俗有迎神节（三堆村、兰泥村、枫坪等村）和吃新谷；民间文化有民间剪纸艺术、龙凤冠和二都戏。近年来，该镇还推出了合湖田螺节、三堆迎神庙会等一系列特色节目。

2021年8月，丽水市各乡镇（街道）第七次全国人口普查结果公布，截至2020年百山祖镇常住人口为1683人。