马沟清真寺历史上被称为百坊之首。马沟清真寺位于
荥阳市贾峪镇马沟村大街西头，大门坐西面东。寺后（西边）是一条古老的小溪，南邻马增恩家（原马沟小学），北邻马沟街通往河沟的小路，东至南北路中心。马沟清真寺总占地面积4000多平方米，建筑面积1400多平方米。现在马沟清真寺是荥阳市所有清真寺中把中国古典和阿拉伯风格最完美相结合的清真寺，也是
郑州市历史悠久保存最好的古清真寺之一。
据有关史书记载：马沟清真寺创建于
明朝正统年间（约1445年）是马氏先人马克太等人创建，至今已有五百六十多年了。清真寺由武台高井迁至马沟村，最初在现清真寺西南角的几孔土窑洞里进行教门活动，约1660年在现清真寺所在地盘上盖了一个有大殿、水房等砖瓦结构房的清真寺。当时规模甚小，也很简陋。其后在清乾隆三十三年（1768年），进行了扩建。
咸丰九年（1859年），由马振彪、马振魁、马振生、马瑞龙、把际午、马曰章、马伦等主持，重盖了清真寺。这一次，规模最大，设计最好，至今整个寺院仍基本保持着那时的样子。其后在
光绪十四年（1888年）、民国十七年（1928年）、1980年、2001年等多次重修。2001年为较大的一次，集资数十万元将大殿往后加深由两进扩为四进，扩大面积200平方米。其它部分给予加固，外形未变。
马沟清真寺古色古香，呈中国古典式“四合院”，但装饰方面又处处突出阿拉伯风格，共有房屋50余间。寺院以大殿中大门为轴线，南北对称，各建有七间明廊立柱厢房。教长室、讲堂屋、沐浴室和学生宿舍、办公仓储，分列南北，井然有序。墙体和房顶：大蓝砖小蓝瓦；屋檐：绿漆红字；大殿五间宽四进，二十间，面积四百多平米。屋脊高十三米，粗梁、圆、方，雕梁画栋，古朴典雅，宽敞明亮，可同时供数百人作礼拜。殿脊装饰着宝瓶、五脊六兽、龙凤呈祥、典蕴宽深。大殿前卷棚五间，六根青石方柱高4.5米，截面0.4米x0.4米，顶立梁檩，风格独特，雄伟壮观，明柱正面刻有《
古兰经》经文，每段都是一个
伊斯兰教经典，卷棚前檐下面写着“劝、化、普、世、淫、祸、善、恶”教化人生的字样，这在各清真寺中实属少见。大殿后望月楼高二十多米，星月云耸，巍峨壮观。寺院内：古柏耸天，石碑静立，圃树影斜，盆花锦簇，幽静肃穆，实为赞主敬圣礼拜之圣地。
马沟清真寺大门上的“清真无二”大匾，金光闪闪浑厚遒劲，悬挂于正门上方，它日夜迎候着前来礼拜善功的穆斯林民众。该匾是
清代爱新觉罗·旻宁庚寅年，
和硕惇亲王书，这在
河南省以及全国清真寺史上都不多见。该匾长二米、宽一米，重约六十公斤；字半米见方。字面镏金，虽历经苍桑近二百年，亦金光闪烁，可见制作之精良！“清真无二”四字浑厚清亮，苍劲有力。该匾额历来被书法界称为书法精品，是极为珍贵的历史文物！据传：从
京都运至马沟由三匹骏马轮流驮运。匾至到马沟后，惊动了地方官员，纷纷赴马沟寺祝贺，行家对其书法神韵赞不绝口。各方人氏，社会名流，清真各坊 , 邻村群众慕名观者如潮，多日之后观者仍络驿不绝。