《历代中医珍本集成》在选编工作中遵循了一定的原则，即选择既有学术理论价值又注重临床实用价值的著作。为了避免重复，书中并未收录广为人知的经典名著，而是精选了一些对临床治疗有启发性的作品，并着重介绍了专科专著。
在反映历代名医学术思想及其诊治经验方面，该书不仅收录了
孙思邈、
庞安时、
罗天益、
许叔微、
朱震亨等名家的作品，还选取了秦昌遇、
王士雄、
陈莲舫、金子久等江南名医的治验，以便更好地展现江南地区的中医诊疗特色。
《历代中医珍本集成》所收录的历代古医籍，均由
上海中医药大学中医文献研究所的专业人员进行了校正影刊。在校勘过程中，他们采用了不同于一般古籍校勘的方法，尽可能保持原著风貌，只对明显的错误进行了直接修改，而对于不影响理解的部分则不予改动。
中医药学作为中华文化遗产的重要组成部分，在全球范围内受到了广泛关注。为了继承和发展中医学术，上海中医学院中医文献研究所受委托主编了《历代中医珍本集成》，旨在满足广大中医工作者的需求。该项目得到了多位知名学者的支持和参与，经过精心挑选和校勘，最终形成了这部包含丰富中医典籍的丛书。
《历代中医珍本集成》的出版旨在推广和提升中医学术水平，为中医工作者提供有价值的参考资料。通过整理和研究这些医学文献，不仅可以了解中医的历史与发展，还能将其应用于现代医疗卫生实践中。