在1878年，随着郡区町村编制法的实施，熊本区（后来的熊本市）从饱田郡中分离出去。到了1889年4月1日，町村制的推行导致饱田郡下辖3町38村。这些包括高桥町、川尻町、小岛町、池田村、花园村等，其中多个村庄后来并入熊本市。其他如河内村、船津村、白滨村等后合并为河内町，也随后成为熊本市的一部分。此外，川口村、中绿村、内田村等村庄合并为天明町，以及川上村、砚川村、寺迫村等合并为北部町，它们同样并入
熊本市。八分字村、藤富村、滨田村等村庄后合并为饱田町，最终也被纳入熊本市。走村则后来成为
宇土市的一部分。在1896年4月1日，饱田郡与
托麻郡的合并标志着饱田郡的行政区划历史画上句点，成立了
饱托郡。