河口环境的特点主要由咸淡水的交替和入海泥沙的沉积决定。
潮汐的强度和范围，以及河口地形都会显著影响河口水的进出量和咸淡水的混合程度。此外，河水排放量也是重要的影响因素。在洪水季节，淡水流出量超过海水流入量，而在枯水季节，情况则相反。风的影响也不容忽视，它可能破坏河口水的分层状态，而寒冷地区的冰层则能起到隔离作用。所有这些因素都是河口生态环境的重要组成部分。
河口环流受到潮汐变化的影响，表现为海水锋面在
河口区的周期性移动。当河水排放量大而潮汐较弱时，河水轻盈，易于在外层流向大海，而海水则在深处向内陆流动，形成所谓的盐水楔形。在咸淡水交界处会产生闪波，促进两者的混合。部分靠近表面的海水会随着外流的淡水一起返回大海。如果河床狭窄而深邃，这种高度分层现象就会更加明显。
河口沉积是由沿河下降的淡水中携带的大量泥沙形成的。这些泥沙在遇到富含
电解质的海水后会凝聚成团，随后在河水交界的扰动带上快速下沉，最终形成河口浅滩和沙洲。沉积
速率取决于
沉积物的
粒径大小，通常情况下，粗颗粒的
沉降速度更快。在河口的不同区域，沉积物的组成也会发生变化，从近口段的稠密细泥到河口段的浅滩和沙洲，再到口外海滨的细沙和软泥。
河口环境中还存在着多种理化因子，包括淡水带来的各种
无机化合物和有机物质，如磷、氨、硅等植物所需的营养物质，以及大量的有机碳、
碳酸氢盐、钙或钠。同时，还包括各种工
农业污染物，如农药、油污、重金属离子等。这些物质随着淡水的流动进入河口，一部分沉淀下来，另一部分则扩散至海洋。工业热污染和放射性污染则是特别需要注意的问题。
河口生态系统具有独特的生态特征，其
生物多样性和物种丰富度较低，但某些物种的数量相对较高。尽管河口拥有充足的营养盐类，但由于透明度低，浮游植物的光合作用效率受到影响，导致河口营养物质利用率不高，因此浮游植物的高产量区往往位于河口外围。河口含有大量有机碎屑，为食碎屑的动物或滤食动物提供丰富的食物来源。在这种环境下，种间竞争并不激烈，但滤食性或草食性动物能够大量发展，从而形成较高的次级生产量。
河口生物对其生活环境有着复杂的适应机制。它们能够耐受温度的剧烈变化，但在盐度适应方面存在显著差异，这决定了它们在河口区的分布。河口生物可分为四种类型：贫盐性种类、低盐度种类、广盐性海洋种和
狭盐性海洋种。河口生物还能通过调整
渗透压来适应河口内外的环境变化。例如，一些上溯入河川营生殖洄游的鱼类，如鲑、鳟、
银鱼、
刀鲚等，以及一些下降入海营生殖洄游的动物，如
中华绒螯蟹、
鳗鲡等，都需要在河口区停留一段时间，以调节个体渗透压。此外，河口生物在繁殖上也有相应的适应策略，如
红树林的果实直接插入泥土中，以减少被冲走的风险，而一些
甲壳亚门的卵则常附有卵囊，以便在动荡的环境中存活。
河口生态面临着多重挑战，其中包括环境污染。由于河流承担了城市工业排放的污染负担，当污染严重时，河口生物往往会遭受损害。例如，氮的过量排放可能导致河口出现高度
富营养化的水质，进而引发
须苔属类和
硅藻的过度繁殖，造成河口赤潮现象，这对河口的贝类、鱼类等造成了直接危害。此外，一些重金属离子和农药也可能在河口养殖对象体内积累，对生物健康造成潜在风险。