南京大学明清文学研究所成立于1999年1月，致力于明清文学的研究与发展。

南京大学明清文学研究所的主要工作包括定期招生和培养博士、硕士研究生；引入相关领域的人才以加强中文系在明清文学研究方面的实力；同时，在保持传统研究的基础上，积极探索新方向，与国际学术界进行全面交流；此外，还参与了《全清词》的编纂工作。

2000年5月，研究所举办了题为“明清文学与性别”的国际学术研讨会，吸引了来自世界各地的60多位学者参加，会议取得了积极成果。随后，会议论文集《明清文学与性别研究》于2002年10月由江苏古籍出版社出版。

南京大学明清文学研究所由张宏生教授担任所长，他在明清文学领域的研究成果丰富，对研究所的发展起到了关键作用。