北京低碳农业协会成立于2011年，是由首农集团、中国农科院饲料所、北京市农林科学院、市畜牧兽医总站、市动物卫生监督所共同发起的非营利性社会团体。

北京低碳农业协会作为全国首家专注于低碳农业领域的社会组织，其成员涵盖农业及其产品生产的各个阶段，包括生产、加工、销售、推广、研究、教育以及管理等方面的专业人士和机构。该协会旨在推动农业领域向低碳方向发展，促进农业可持续性和环境保护。2020年10月17日，北京低碳农业协会组织召开了《养殖企业温室气体排放监测技术规范》和《种植企业（组织）温室气体排放监测技术规范》两项团体标准的审查会。

2023年11月18日，北京低碳农业协会召开了第三届第一次会员大会暨换届选举大会。会议期间，新一届理事会宣布成立六个专业分会，分别为零碳农场分会、碳中和村镇分会、反刍亚目低碳与健康养殖分会、畜牧低碳与健康福利养殖分会、畜禽废弃物资源化利用分会、土壤碳汇与肥料减排分会。各分会计划通过整合科研机构、高校、企业和政府部门的力量，建立政、产、学、研、用、推的合作平台，以实现农业减排固碳的目标。