藻红蛋白（P-phycoerythrin, PE），是从红藻中分离纯化的新型荧光标记试剂。在特定波长激发下，藻胆蛋白能发射强烈的荧光，其荧光强度是荧光素的30-100倍。具有良好的吸光性能和高的量子产率，在可见光谱区有广泛的激发及发射范围。

藻红蛋白的分子结构由通过硫醚键连接的载体蛋白与开链线性延展的四咯化合物构成。其分子量约为240,000道尔顿，蛋白的亚基组成为(alpha-beta)6gamma。其中，alpha-亚基和beta-亚基分别约为20,000道尔顿，gamma亚基则约为30,000道尔顿。藻红蛋白的最大吸收峰为565±5纳米，荧光发射峰为578±5纳米。

藻红蛋白在4°C条件下能够稳定保存一年，建议避免冷冻。

藻红蛋白可用作荧光分析的工具，具有传统化学荧光染料难以匹敌的优势。它在较宽的pH范围内具有较宽的吸收光谱，使得选择适当的激发波长变得容易，从而获得高效的荧光发射。此外，藻红蛋白的吸光度和荧光量子产率都很高，荧光强而稳定，灵敏度高。它还具有较小的荧光背景，不易淬灭，荧光保存期较长。藻红蛋白水溶性极佳，易于与其他分子交联结合，非特异性吸附少。它是纯天然海洋生物提取物，无毒副作用，不含放射性，操作使用非常安全。

藻红蛋白可通过常规的标记方法与生物素、亲和素和多种单克隆抗体相结合，制备成荧光探针。这种探针可用于免疫检测、荧光显微技术以及流式细胞荧光测定等多种临床诊断和生物工程领域。

藻红蛋白作为海洋藻类的重要捕光色素蛋白之一，也是一类新型的高效光敏剂。当暴露在适宜波长的光线下时，它可以产生单线态氧和其他氧自由基，进而损害生物大分子。这一特性使藻红蛋白成为了肿瘤光动力治疗的基础，这是一种颇具前景的肿瘤治疗方法。相较于传统的光敏药物，如血叶琳衍生物，藻红蛋白具有更高的效率和更小的毒副作用。由于血叶琳衍生物的价格高昂且毒性较大，患者在接受此类药物的光动力治疗后通常需要长时间避光，以免皮肤遭受光毒性的影响，这限制了该疗法的应用。相比之下，藻红蛋白作为一种新型的高效、无毒副作用的光敏药物，有望被开发为具有实际应用价值的新一代光动力药物。