《天方正学》全书分为七卷，内容丰富多样。第一卷包含十幅图说，涉及天方道统、真一隐显等多个主题。第二卷是对天方字母的深入研究，涵盖字母发音、组合等方面的知识。第三卷则收录了真经及其相关传记。第四卷主要讨论性命之学，第五卷则是对真一概念的详细阐释。第六卷汇集了多篇有关真诠的重要文章。第七卷则记录了多位宗教领袖的墓志铭。作者在书中引用了《
周易》《
中庸》以及宋明理学的观点，旨在阐明
伊斯兰教的核心理念。此外，书中还将阿拉伯字母形象化，并以此命名中国的二十四节气。整本书的编写遵循“经文为纲，注文为目”的原则，使得阅读和理解更加方便。