菏泽市牡丹区实验中学是一所由牡丹区教育和体育局主管的公办初中学校。该校先后被评为“山东省规范化学校”“全国特色学校”“菏泽市文明学校”等荣誉称号。

菏泽市牡丹区实验中学始建于2009年8月。该校是牡丹区重点中学之一。建校初期，学区内对口小学有牡丹区第四小学、中华西路小学、李峨小学、杨店小学和贵阳路小学等。2015年在李峨小学基础上组建了牡丹区第二实验小学，在杨店小学基础上组建西苑小学。自2020年起，菏泽市第二实验小学（原菏泽师范附属学校）毕业生全部直升该校。

截至2024年9月，该校两个校区共占地面积160余亩，建筑面积100000平方米，有168个教学班，在校学生10000余人。在职教职工492人，拥有省市级优秀教师100余名，市名师及学科带头人15名，市县（区）级教学能手100余名，占专任教师总数的25%。

菏泽市牡丹区实验中学是一所国办初级中学，学校设有校长办公，德育处，教务处，总务处，安全科，教科室等功能科室，在张传生校长统一领导下，各处室通力合作实现对学校的高效管理。学校有三个年级，分级部管理，级部实行副校长负责制，对上向校长负责，对下向教师、学生负责。学校管理有序，师生行为文明规范，被命名为山东省规范化学校。

在学校各级领导的关心下，经过“锦墨繁花”文学社全体师生的努力。我校“锦墨繁花”文学社的期刊《锦墨繁花》满载着全体师生的期盼，在这个充满梦想与希望的季节以勃发的英姿与大家见面了。

菏泽市第二实验小学、牡丹区第二实验小学、牡丹区第四小学、牡丹区中华西路小学、牡丹区西苑小学符合入学条件的毕业生。