南阳市中医药发展局为南阳市人民政府36个组成部门之一。

2000年6月，启动张仲景医药创新工程。

2002年3月，成立南阳市中医管理局，副处级规格，内设科室2个，和卫生局合署办公。

2011年3月，成立南阳市中医药事业发展工作委员会，下设办公室。

2012年5月，“南阳市中医管理局”更名为“南阳市中医药管理局”，正处级规格，内设科室4个。

2018年12月，南阳市在全国率先成立中医药发展局，为市政府36个工作部门之一。各县区分别成立中医药发展局。

办公室（机关党委）

负责机关日常运转工作，承担政务公开、信息、新闻宣传、安全、保密、财务、后勤等工作；承担南阳市中医药发展工作委员会办公室日常工作。负责机关和直属单位的党群、纪检工作和精神文明建设工作。

行政审批服务科

根据部门职能调整动态修订以及法律法规立改废释等情况，梳理本部门行政审批服务事项通用目录；负责本部门行政权力事项权责清单和权力事项流程图拟订申报工作；负责组织协调本部门依申请行政审批服务事项，负责行政审批事项相关接待、咨询、受理、审核审批和办理结果公布等工作。

医政科（政策法规科）

负责全市中医（中西医结合）医疗机构以及其他医疗机构的中医药服务管理工作；组织、实施各类中医医疗、保健、康复、护理服务规范和技术标准；指导全市中医(中西医结合)医疗机构医疗安全管理，医疗纠纷防范化解工作；负责中医类别执业(助理)医师资格考试和中医确有专长人员考核及注册管理工作；负责住院医师规范化培训和中医药适宜技术培训工作；负责全市中医行业作风建设工作的组织、协调和管理。牵头开展重大中医药与项目的规划和建设工作；承担机关行政复议、行政应诉、普法宣传相关工作和规范性文件的合法性审查清理工作；负责综合治理、群众来信来访办理工作，指导全市中医药系统信访稳定工作。

产业发展科

负责推动全市中医药健康产业发展，拟订全市中药产业发展规划；组织开展中药资源的普查、保护开发和利用，协调推进“八大宛药”开发和规范化中药材种植基地建设；协调推进中医药健康养老、健康旅游业发展，推进社会中医药养生保健机构建设；服务全市中医药企业发展；负责中医药招商引资工作。

科教文化科

拟订和组织实施全市中医药科研、技术开发规划，指导中医药科研能力建设，管理全市重点中医药科研项目；负责全市中医药文化科普和健康教育、健康促进工作，协调、组织张仲景医药文化的传承和弘扬；服务和联系中医药大中专院校和科研院所；负责指导和联系相关中医药社会团体。

合作交流科

拟订并组织实施全市中医药对外交流与合作规划；承担政府间的中医药多双边交流合作工作；推动张仲景医药文化和张仲景学术的国内外合作交流，负责重大中医药节会的筹办工作；牵头推动“一带一路”中医药合作交流。

人事教育科

拟订全市中医药人才发展规划，负责全市中医药人才引进、培养和队伍建设；参与指导全市中医药教育教学改革，参与拟订中医药教育发展规划；承担全市中医药系统表彰奖励相关工作。负责机关和直属单位的组织人事、机构编制教育培训、离退休干部等工作。