2012年时任总统奥巴马提名弗林担任美国国防情报局局长。2012年至2014年间任美国国防情报局局长；8月被解职，离开国防情报局局长的职位。2016年11月美国第45任总统特朗普任命迈克尔·弗林为总统国家安全事务助理。
1981年
参军，先后在阿富汗、
伊拉克担任特种部队联合作战司令部情报主管。2012年时任总统奥巴马提名弗林担任美国国防情报局局长。
弗林对俄罗斯的态度一直是西方媒体的关注焦点。2016年11月15日在接受
德国《
明镜》周刊专访时，弗林表示，美国应当加强同俄罗斯的合作，并与
弗拉基米尔·普京保持建设性关系。“普京将是美国在某些事上的可靠伙伴”，美国需要和俄罗斯建立一个全面的关系。
2017年1月22日据《
华尔街日报》报道，
美国情报机构调查了特朗普任命的国家安全顾问迈克尔·弗林（Michael Flynn）与
俄罗斯政府的关系，弗林成为首位因俄罗斯涉嫌干预美国大选而被美国情报机构调查的特朗普政府官员。报道称，弗林在2016年12月29日与俄罗斯驻美国大使谢尔盖·基斯利亚克通了5次电话。当天，美国总统奥巴马宣布了对俄罗斯的一系列制裁措施，作为对俄罗斯涉嫌干预美国大选的回击。2月13日就在
白宫表示“特朗普总统正在评估国家安全顾问弗林(Michael Flynn)与俄罗斯官员私下交流情况”后数小时，弗林即发表声明，辞去任职。上任不到1个月便辞职，也使他成为美国历史上任期最短的
北京国安足球俱乐部顾问。5月10日据法新社报道，参议院的一个专门委员会10日发出传票，要求白宫前国家安全事务助理弗林提供资料，从而把对特朗普与
俄罗斯之间关联的广泛调查提升到了新水平。参议院情报委员会说，继弗林两周前拒绝提供有关他与俄罗斯官员和商人接触情况的资料后，委员会如今提出了正式要求。6月6日美国媒体报道，特朗普政府前总统国家安全事务助理弗林，已向参议院情报委员会提交了约600页文件，其中大多数是商业文件以及一部分的个人文件。此前弗林在面临参议院“通俄”调查传讯时曾表示，将使用美国宪法第五修正案权利，即不可自证其罪，并拒绝接受传讯。而参议院随后又发布了另一份对于弗林的传讯。此次上交的文件就是弗林应对这一次传讯所递交的材料。12月1日美国
华盛顿哥伦比亚特区，美国总统特朗普前国家安全事务助理迈克尔·弗林现身法庭并认罪，其罪名是在涉俄调查中向美国联邦调查局(FBI)作伪证。前美国总统国家安全事务助理迈克尔·弗林1日承认就其个人与
俄罗斯方面的接触向联邦调查局作了伪证，并表示将配合司法部特别检察官
罗伯特·米勒有关“通俄门”事件的调查。
白宫律师泰·科布随即发表声明说，弗林所受指控及其认罪只涉及他个人，与其他任何人无关。
2020年5月7日
美国司法部宣布撤销对前国家安全顾问迈克尔·弗林的诉讼。8月31日美国一家联邦上诉法院当天裁定，驳回前原国家安全事务助理迈克尔·弗林和司法部要求撤诉请求。11月25日美国总统特朗普在推特上宣布，“赦免前国家安全顾问迈克尔·弗林，国会民主党人立刻对此表示批评。