八一三事变后，该院将重要设备搬出
南市区，办伤兵医院、国际红十字会难民医院和防痨协会上海医院，曾耀仲先后担任这三家医院的顾问医师。
民国32年初，七君子之一的邹韬奋因患
中耳癌，由
苏北抗日根据地化名季晋卿来沪治病，遭敌伪密探搜捕。曾耀仲将邹韬奋转移至上海医院特等病房，亲自为其治疗，使邹韬奋得以在重病中完成《
患难余生记》的写作。
解放后，
上海市第二人民医院改名为上海市第二人民医院，曾耀仲为院长。曾长期钻研医学，“长于内科专业的临床，尤以对伤寒的诊断和治疗，肺结核的诊断和治疗较有心得”,著有《伤寒病》。