四川农业大学动物遗传育种研究所于2009年12月在动物遗传育种与繁殖学科基础上组建成立，现隶属于
四川农业大学动物科技学院，为副处级建制。1984年本学科被批准为全国畜牧领域第一批博士学位授权点，1992年进入
四川省首批省级重点学科的建设，1998年纳入国家“211工程”重点建设学科，1999年被教育部批准为
长江学者特聘教授设岗学科；所在一级学科——畜牧学2000年被教育部增列为博士学位授权学科，2001年设立博士后流动站。2004年本学科点再次被批准为
四川省教育厅重中之重建设学科，2006年批准建设“畜禽品种资源发掘与利用”省高校重点实验室，2007年被教育部批准为国家重点（培育）学科。
动物遗传育种研究所目前下设家禽研究室、猪研究室和草食动物研究室3个研究室，1个动物遗传育种与繁殖重点学科实验室及研究所办公室。研究所现有教学科研人员19人，其中教授9人、副教授4人、讲师5人；10人具有博士学位，6人具有硕士学位；博士生导师8人，硕士生导师4人；国家杰出贡献高级专家、国家有突出贡献的中青年专家、国家百千万人才工程一二层次人选各1人；
四川省学术和技术带头人4人，四川省学术和技术带头人后备人选4人，四川省有突出贡献的优秀专家5人，享受国务院政府特殊津贴专家5人，已初步形成一支结构合理、凝聚力和创新能力突出的学术队伍。
生物技术与动物育种：标记辅助选择、基因表达与调控、转基因技术