王建军球员时期先后效力于河北篮球队、山西宇晋篮球队及
东莞新世纪篮球队，并于2004年退役。退役后的王建军同年成为东莞新世纪队助理教练，2005年成为青年队主教练。2007年，王建军升为一线队助理教练。2012年，王建军作为主教练带领中国U17男篮取得U17世青赛第7名，追平中国男篮国字号历史最好成绩。2015-16赛季中途，王建军成为深圳男篮主教练。2017-18赛季，王建军因在
亚洲精英赛带领球员在比赛未结束时选择退赛被
中国篮球协会处以暂停CBA执教资格的处罚。2018-19赛季，王建军再度担任深圳男篮主教练，并帮助球队闯入四强。2020年8月6日，王建军卸任深圳男篮主教练。同年10月29日，王建军担任中国U18国青男篮集训队主教练。2022年6月24日，王建军再次出任深圳男篮主教练一职。2023年1月5日，深圳男篮官宣球队主教练王建军指导因心脏射频消融术后出现病情反复，需要长时间休养，无法继续带队。
王建军出生在
黑龙江省佳木斯市，16岁来到
河北省生活，并于1994年至2002年期间效力于河北篮球队。2002-03赛季，王建军加盟山西宇晋篮球队，跟随球队参加全国男篮甲B联赛。2003-04赛季，王建军转会至
东莞新世纪篮球队效力，并于2004年结束个人职业生涯。
2004年，王建军在结束个人职业生涯后留在
东莞新世纪篮球队，并担任球队助理教练一职。2005年，王建军担任东莞新世纪青年队主教练。2007年，王建军由东莞新世纪青年队主教练晋升为一线队助理教练，辅佐球队当时的主教练
孙军。2007-08赛季及2008-09赛季，
东莞新世纪篮球队曾连续两次进入季后赛
半决赛，但均在半决赛中0-3不敌
广东宏远华南虎俱乐部，无缘总决赛。此后东莞男篮在2009-10赛季未能进入季后赛，2010-11赛季则在季后赛半决赛中0-3不敌广东宏远，再度无缘总决赛。
2012年，王建军作为中国U17男篮主教练率领球队参加立陶宛U17世青赛，最终以8战4胜4负的成绩获得该届赛事第七名，追平
中国国家男子篮球队国字号历史最好成绩。2015年男篮U16亚青赛，王建军执掌的中国男篮U16国家队在半决赛不敌
韩国，最终仅获得第三名。2016年U17世青赛，王建军作为球队主教练最终帮助中国U17男篮取得第10名。
2015-16赛季
中国男子篮球职业联赛常规赛，
东莞新世纪篮球队主教练
李群在赛季中途下课，王建军接任主教练。最终球队以19胜19负的战绩排名常规赛第九，未能进入季后赛。2016-17赛季，王建军所带领的深圳男篮在赛季中期曾经历波折，最终以26胜12负排名第六，重返季后赛。四分之一决赛，深圳男篮和
上海久事大鲨鱼篮球俱乐部打满五场，最终3-2胜出晋级四强。半决赛，深圳男篮1-4不敌广东男篮无缘总决赛。2017-18赛季开始前，王建军因在
亚洲精英赛带领球员在比赛未结束时选择退赛，被
中国篮球协会处以暂停
中国男子篮球职业联赛执教资格一个赛季的处罚。2018年9月26日，深圳男篮发布公告称王建军担任球队主教练一职。2018-19赛季，王建军带领的深圳男篮最终在季后赛半决赛0-4不敌广东男篮，无缘总决赛。2019年5月16日，中国篮协公布
中国国家奥林匹克篮球队集训名单，时任深圳男篮主教练王建军担任球队主教练。
2019-20赛季，
东莞新世纪篮球队本土球员伤病不断，受疫情影响外援无法归队，复赛只能“全华班”出战。最终，深圳男篮在
NBA常规赛取得20胜26负排名第13未能进入季后赛。2020年8月6日，深圳男篮官宣王建军不再担任球队主教练一职。同年10月29日，
中国篮球协会官方公布了U18国青男篮集训名单，王建军担任球队主教练。2021-22赛季结束后，时任深圳男篮主教练加入
中国国家男子篮球队教练组，最终深圳男篮于2022年6月24日官宣王建军再次出任球队主教练一职。
2023年1月5日，
东莞新世纪篮球队官宣球队主教练王建军指导因心脏射频消融术后出现病情反复，需要长时间休养，无法继续带队，俱乐部决定对教练团队进行调整，代理主教练
郑永刚指导正式接过主帅教鞭。2024年2月7日，
中国国家男子篮球队通过官方
微博发布了
亚洲杯预选赛16人集训名单，王建军担任助理教练。6月13日，中国篮球之队官方公布了
中国国家男子篮球队的集训名单，该集训名单上人员于2024年6月15日至6月28日在
上海市竞技体育训练基地（
崇明区）集训备战2025年亚洲杯，王建军在其中担任助理教练。
2016-17赛季，深圳少帅王建军简直是行走在爱与痛的边缘，默默承受家庭的困难，孩子重病，作为父亲的他内心无比的痛。对篮球的热爱，对球队的热爱，对本职工作的热爱。他努力在两者之间寻找平衡。（
千龙网 评）（2017.03）
2017年9月，
东莞新世纪篮球队在澳门超级8篮球邀请赛对阵日本琉球黄金帝王，比赛进行到末节还剩7分50秒时，
李慕豪被裁判吹罚技术犯规。因不满裁判判罚，王建军带领深圳男篮选择集体退赛。9月26日，
中国篮球协会公布了对深圳主帅王建军的处罚公告。中国篮协宣布王建军被暂停CBA执教资格一个赛季。