Clustal是一款广泛使用的生物信息学计算机程序，用于多重序列比对。Clustal系列包括多种版本，随着算法的发展，这些工具的名称也随之变化。Clustal工具及其算法在各自类别中都有详细分析。在侧边栏中列出的操作系统并非所有Clustal工具的完全支持，但Clustal Omega具有最多的操作系统支持。

Clustal系列软件是生物信息学中用于多序列比对的重要工具。它可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列的二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。Clustal包括ClustalX和ClustalW（前者是图形化界面版本，后者是命令界面），是生物信息学常用的多序列比对工具。

Clustal系列软件的历史始于1988年，由Des Higgins创建了最初的Clustal程序。随后，ClustalV、ClustalW、ClustalX、Clustal2和Clustal Omega等版本相继发布，每个版本都在算法的准确性、效率和用户界面上进行了改进。Clustal Omega是Clustal家族的最新补充，提供了显著增长的可扩展性，使数以十万计的序列能够在几个小时内排列，并且支持多处理器使用。此外，从流行的衡量基准角度看，其质量比以前的版本有巨大的改善。

Clustal软件的所有变体都使用一种渐进构建多序列比对的启发式方法。这种方法通过整体分析序列，然后利用UPGMA/Neighbor-joining方法生成距离矩阵，从矩阵中的序列得分计算引导树，然后逐渐根据相似性顺序对序列进行比对，从而生成多序列比对。Clustal通过三个主要步骤创建多序列比对：使用渐进比对方法进行成对比对、创建引导树（或使用用户定义的树）、使用引导树进行多序列比对。

Clustal程序接受多种输入格式，包括NBRF/PIR、FASTA、EMBL/Swiss-Prot、Clustal、GCC/MSF、GCG9 RSF和GDE。输出格式可以是以下之一或多个：Clustal、NBRF/PIR、GCG/MSF、PHYLIP、GDE或NEXUS。脱氧核糖核酸/核糖核酸比对和蛋白质比对显示相同的符号，因此*（星号）符号对两者都有用，其他一致性符号应在DNA/RNA比对中忽略。

可以调整许多设置以适应不同的情况。主要参数是间隙开启惩罚和间隙延伸惩罚。ClustalW和ClustalX的第2版，即Clustal2，是这些工具的更新和改进版本，预编译为多种操作系统，如Linux、Mac OS X和Windows（XP和Vista），设计旨在使网站更有组织和用户友好，同时更新源代码到最新版本。

CLUSTALW：命令行接口，使用渐进比对方法，首先对最相似的序列进行比对，然后逐渐对最不相似的序列进行比对，直到创建全局比对。ClustalW是基于矩阵的算法，而T-Coffee和Dialign等工具是基于一致性的。ClustalW具有相当高效的算法，与其他软件竞争力强。

ClustalX：一个图形用户界面，提供了直观的操作方式，使用户能够更容易地进行序列比对和分析。

Clustal Omega：Clustal Omega 是Clustal家族的最新补充。在以前的版本基础上，它提供了一个显着增长的可扩展性，使数以十万计的序列在只有几个小时内排列。它也将使用多个处理器包含其中。此外，从流行的衡量基准角度，其品质比以前的版本有巨大的改善。

描述Clustal软件的论文被引用非常多，其中两篇是有史以来被引用最多的论文之一。该软件的最新版本适用于Windows、Mac OS和unix/Linux。它也常通过其主页上的网页界面或由欧洲生物信息学研究所托管来使用。

Clustal 软件有许多变体，所有这些变体如下：

初始程序中的引导树是通过UPGMA聚类 分析成对比对构建的，因此命名为 CLUSTAL。1988 年的前四个版本使用阿拉伯数字（1 至 4），而第五个版本Des Higgins在 1992 年改用罗马数字 V。1994年和1997年，在接下来的两个版本中，使用了字母V后面的字母，并使其对应于加权的W和X窗口的X。选择欧米茄这个名称是为了标志着与之前名称的变化。