（一）贯彻国家水路交通行业发展战略、方针政策和法律法规；开展珠江水系水运发展重大问题和体制改革研究；参与部珠江水系有关航运规章草案的拟定工作，按法定程序批准后监督实施。
（二）组织拟定珠江水系水运发展战略、中长期规划，提出珠江水系水运建设五年规划和年度计划建议；受部委托，对
珠江报部审查审批的规划、计划及建设项目前期工作提出初步意见，参与有关审查工作和工程竣工验收工作。
（三）受部委托，负责珠江水系
航运市场
宏观调控和秩序监督管理。实施珠江水系省际
客船、危险品船运输企业经营和新增运力的行政许可工作；实施从事内地与港澳间海上运输部分业务的行政许可工作；实施
琼州海峡省际客船、危险品船运输市场监督管理工作。
（四）组织开展珠江水系水运建设市场监督管理，维护平等竞争秩序；协调
珠江水资源综合开发利用中航运有关工作。
（五）负责协调珠江水系各省（自治区）
交通运输主管部门及其航务、港口、通航建筑物等管理机构相关业务工作；指导、监督、协调珠江水系省际航道主管部门的航道管理和维护工作。