藤原赖经（1218年2月12日——1256年9月1日），是日本源赖朝第四代征夷大将军。

藤原赖经又名九条赖经，五摄家之一的九条道家之子，所以被称为摄家将军。其母亲为西园寺公经之女西园寺纶子。

藤原赖经出生于寅年寅日寅刻，幼名“三寅”。

建保7年(1219年)源实朝被暗杀后，源家绝后，镰仓幕府之执权北条义时及尼将军北条政子（源赖朝的正妻）遂迎立源赖朝之妹的曾孙九条赖经为征夷大将军，后鸟羽上皇并不反对。其时九条赖经只得两岁，实为傀儡。6年后嘉禄元年(1225年)元服改名为赖经，立其时十五岁的第二代将军源赖家之女竹御所为妻。

因父亲九条道家及外祖父西园寺公经的实权，威胁到在关东的幕府。在西园寺公经死去后，北条氏对九条道家更为反感，深感九条道家会对幕政介入。在与执权北条经时关系险恶的情况下，在宽元2年(1244年)，突然被逼让位及其子藤原赖嗣，但仍逗留在镰仓。其后名越光时等以藤原赖经为反北条氏势力的中心，被北条氏察觉到后在建长3年(1251年)送还到平安京。

藤原（九条）赖经及藤原（九条）赖嗣二代被称为摄家将军。

建保6年(1225年)12月29日元服。

嘉禄元年(1226年)1月27日被封为征夷大将军。 3月25日、升任从四位上、转任右近卫中将。4月8日、升任正四位下、右近卫中将如元。

贞永元年(1232年)1月30日备后权守兼任。2月27日升任从三位、右近卫中将备后权守如元。

天福元年(1233年)1月28日转任权中纳言。

文元年(1234年)12月21日升任正三位、权中纳言如元。

嘉祯元年(1235年)10月8日兼任陆奥国出羽按察使。11月19日，升任从二位、权中纳言、陆奥出羽按察使如元。

嘉祯2年(1236年)7月20日升任正二位、权中纳言如元。兼任民部卿、除去陆奥出羽按察使之职。

暦仁元年(1238年)2月24日右卫门督兼任。除去民部卿之职。2月25日兼任检非违使别当。3月7日升任权大纳言、检非违使别当・右卫门督如元。4月18日权大纳言检非违使别当・除去右卫门督之职。

元2年(1244年)4月28日辞去征夷大将军之职。7月5日出家。法号行贺。