希腊正教会（英语：Greek Orthodox Church），是东罗马拜占庭帝国灭亡、国家教会东罗马正教会解散后，依拜占庭所在希腊人地区发展的独立正教会之一。

325年尼西亚公会议以后，以君士坦丁堡为中心的东派教会和以罗马为中心的西派教会间，因政治、经济、文化上的差异，矛盾逐渐尖锐。330年君士坦丁一世迁都君士坦丁堡战役后，两派在谁居教会首席地位的问题上，争斗愈烈。以后历经6～8世纪的“和子句纠纷”和9世纪的佛提乌分裂，以及11世纪东西教会对意大利南部教会控制权的争夺，1054年终于酿成东西教会大分裂。

东派教会自9世纪起，已逐渐向保加利亚、基辅罗斯等国发展。1054年后，拜占廷国势日益衰落，罗马教会继续谋求居整个基督教世界首席的地位。1096年教皇乌尔班二世组织十字军东征。1204年，第四次十字军攻占君士坦丁堡。1206年，东正教普世牧首区被迫迁往尼西亚。1261年，拜占廷皇帝弥迦勒八世帕利俄罗戈斯收复首都，牧首区迁回君士坦丁堡。

12世纪后，拜占廷帝国外忧内患频仍。东派教会原有的四大主教区已有两个（安提阿和亚历山大）为穆斯林占领，另一主教区耶路撒冷王国则为十字军建立的拉丁王国所占。15世纪30年代，奥斯曼帝国对拜占廷发动进攻，君士坦丁堡向西方求救，教皇尤金四世乘机于1438年召开佛罗伦萨公会议，旨在使东方教会屈服，确立教皇在基督教内的首脑地位。君士坦丁堡普世牧首约瑟二世率领东正教会代表 700人参加。会议就炼狱、和子句等教义问题展开争论。由于东正教会让步，次年7月会议签署通过东西教会合一决议，确认教皇为“基督在世代表”，具有全权地位。史称佛罗伦萨合一。后因东派教会内反对派的抵制，迫使参加会议的东派代表声明签字无效，合一终于没有成功。

1453年拜占廷帝国灭亡，君士坦丁堡成为奥斯曼帝国的首都。苏丹出于政治考虑，对东正教会采取宽容政策，承认君士坦丁堡普世牧首为被征服的东正教徒总管，其监管范围包括东正教会四大牧首区。奥斯曼土耳其帝国以伊斯兰教为国教，君士坦丁堡牧首虽自称具有普世性，实际上处于被征服地位。16世纪以后，一些国家、地区和民族的正教会先后成立自主教会。君士坦丁堡正教会在督管区基础上成立。1589年，俄罗斯正教会取得自主地位，建立牧首区。以后，使用俄罗斯正教礼仪的教会，常通称俄罗斯正教。

16世纪以后，君士坦丁堡普世牧首的实际权威性已丧失尽，独立教会是指在法规和行政方面享有全部独立权并可自选大主教和主教的教会；有时也指不依附教郡都主教管辖的个别教区。第二次世界大战以后，自主教会多为民族教会，亦有地区性教会。各自主教会间在信仰和圣事上彼此相通，并按传统的尊称顺序排列。

君士坦丁管区

希腊语系最大的独立教会。管辖土耳其、克里特岛、爱琴海诸岛的正教徒和散居于俄罗斯、乌克兰、波兰、阿尔巴尼亚等地的希腊移民中的正教徒，以及阿托斯半岛圣山上的修道院和芬兰正教会 。君士坦丁堡(今土耳其伊斯坦布尔)原为古代基督教的重要中心之一。

相传由使徒安德烈始建主教座堂于此。4世纪以来，位居东派教会四大牧首区之首。到10世纪，设有624个主教区。11世纪东西教会大分裂后，君士坦丁堡普世牧首成为各地东正教会的首领。拜占廷灭亡后，该牧首区处于受奥斯曼帝国保护地位。此后一些原属该牧首区的教会相继独立，但君士坦丁堡牧首区仍保持其荣誉首席地位。

第一次世界大战前，在土耳其有希腊族人150万。1922年土、希战争后，希腊人口大为减少。1955年9月土耳其发生反希腊人和基督徒的骚乱，君士坦丁堡的正教会进一步削弱。阿托斯圣山上的修道院，至今仍保留着东正教隐修制度的特点，并珍藏有大量古代圣经抄本和遗物。芬兰正教会原为俄罗斯传教士于12世纪时建立，属俄罗斯正教会系统。1919年莫斯科牧首批准芬兰教会自治。1923年归由君士坦丁堡战役牧首区管辖。他们遵守西方教会的节期，礼仪中使用斯拉夫语或芬兰语。一般仍保留正教传统。牧首驻伊斯坦布尔，其首脑称新罗马君士坦丁堡大主教和普世牧首。

亚历山大管区

亚历山大里亚原为古代基督教重要中心之一。相传圣马可始建主教座堂于此。其牧首原管辖非洲东北部的东派教会。在 5世纪关于基督神人两性的争论中，大部分教徒不接受卡尔西顿公会议所规定的基督论教义，与正统教会分裂而成为一性论派；因其礼仪使用科普特语，又称科普特教会。只有接受卡尔西顿信经的教徒，属于亚历山大里亚正教会，信徒主要居住在非洲地区。7世纪后，一部分教徒改信伊斯兰教，正教徒人数逐渐减少。19世纪，许多希腊和叙利亚的正教徒移居埃及。20世纪时，在的黎波里、亚的斯亚贝巴、喀土穆、突尼斯和南非约翰内斯堡都建立了正教教区。同时，由希腊人担任牧首的牧首区，还积极在乌干达、肯尼亚、坦桑尼亚等国发展本地正教会。牧首座堂在希腊基菲西亚。最高首脑称亚历山大里亚和全非的教父和牧首。

安条克管区

安条克公国原为古代基督教中心之一，相传使徒彼得始建主教座堂于此。牧首区在正教尊称上位居第三，原管辖叙利亚、小亚细亚半岛和美索不达米亚等地教会。431年以弗所公会议后，信徒大部脱离正统教会，参加聂斯脱里派。 6世纪又有一部分分离为一性论派。其中仍保持正教信仰的教徒，于东西教会大分裂时，随君士坦丁堡战役正教会同天主教分裂。后叙利亚成为穆斯林帝国的一部分，故在一些教区中通用阿拉伯语。14世纪以来，牧首区驻大马士革，最高首脑称大安提阿和全东方牧首。高级教士本来均为希腊血统，大部分教徒和下层教士则为阿拉伯人。1899年起，其牧首和都主教由阿拉伯人担任。现设19个主教监管教区，分布于叙利亚、黎巴嫩、土耳其、伊拉克及美国、巴西和阿根廷。在礼拜中主要用阿拉伯语，也用希腊语或英语。

安提阿正教牧首所属的正教会。安提阿原为古代基督教重要中心之一。相传由使徒彼得始建主教座于此。431年以弗所公会议后，大部分信徒参加了聂斯脱利派。6世纪时又有一部分成为基督一性论的雅各派教会。1054年东西教会大分裂时，其余部分跟君士坦丁堡教会一起与罗马教会分裂而成为正教教会。现辖主教监管教区19个。中心设在叙利亚首都大马士革。最高首脑称作大安提阿和全东方牧首。出版刊物《神赐》。

耶路撒冷王国管区

耶路撒冷据信为基督教起源地，故耶路撒冷教会在古代基督教中占有特殊地位。按尊称名列第四。相传耶稣的弟兄雅各在此始建主教座堂。卡尔西顿公会议批准为牧首区。12世纪初，十字军在耶路撒冷建立拉丁王国后，天主教神职人员在该地曾占显著优势。拜占廷帝国灭亡后，该教区正式成为自主的正教牧首区，辖巴勒斯坦、约旦和西奈半岛等地正教会，人数约6万，大都为阿拉伯人，但牧首和主教都是希腊人，属于在圣地和圣地附近设有修道院的圣墓兄弟会。最高首脑称耶路撒冷王国圣城和全巴勒斯坦牧首。隐修院内礼拜用希腊文，一般教堂的礼拜则用阿拉伯语。

早期东派教会四大主教区之一。相传耶稣的弟兄雅各始建主教座于此。管辖巴勒斯坦的正教会（见希腊正教会）。

希腊教会

指希腊本土的正教会。拜占廷和奥斯曼帝国期间，希腊正教会属君士坦丁堡普世牧首治 理。1833年宣布自主，1850年君士坦丁堡普世牧首给予承认。现为希腊国教，信徒约占全国人口90%以上。所属各教区，名义上仍属君士坦丁堡管辖。在雅典和塞萨洛尼基亚有两所神学院，总会设雅典。正教在希腊影响广泛。阿托斯山修道院、帕罗斯岛的隆哥法达隐修院和帕特摩斯隐修院在希腊正教会中亦有很高地位。第二次世界大战后，希腊出现以神学家弟兄会为代表的自发传教运动，由受过高等教育，严守宗教规戒的司祭和平信徒组成，从事传教及教育工作。

塞浦路斯教会

据传为巴拿巴于1世纪创立。431年以弗所公会议承认其自治，属安提阿牧首管辖。十字军占领期间，西派教会主教力促塞浦路斯正教会归顺教皇，未成。1448年宣布自主。1831年希腊独立战争期间，岛上所有的主教和几个修道院长都被土耳其人处死。在1878～1958年英国占领期间，主教们在要求与希腊合并的伊诺西斯运动中起着领导作用。1956年，马卡里奥斯大主教被英国人放逐。1960年，塞浦路斯共和国宣布独立。教会的自主地位得到保证，马卡里奥斯被选为共和国第一任总统。教徒绝大部分为希腊族，礼仪使用希腊语。总部设首都尼科西亚，首脑称新查士丁尼安和全塞浦路斯大主教。

西奈山管区

为东正教最小的自主教会。实际只管辖圣凯瑟琳修道院。修道院位于西奈半岛穆萨山之北的峭壁上。为拜占廷皇帝查士丁尼一世在 530年建成。修道院院长由修道士推选。1575年君士坦丁堡普世牧首承认其自主地位。7世纪中叶，西奈半岛被穆斯林军队占领，修士们为保住修道院，在院内修建了一座清真寺。据说历代哈里发都保证该修道院的安全。当地贝杜因人至今仍到这所清真寺礼拜。院内保存有2000余幅圣像，以及世界上馆藏数量最多的基督教希腊文皮卷文献。该院现有硕士不足20人，修道院长为大主教衔，由耶路撒冷牧首祝圣。

此外，在北美还有属希腊正教系统的希腊大主教区，在澳大利亚和新西兰有希腊大主教区和都主教区，都属君士坦丁堡牧首管辖，礼仪用英语或希腊语。