鲤鱼墩贝丘遗址由
遂溪县博物馆1983年文物普查时发现，1991年确立为
湛江市文物保护单位。1999年，
广东省文物考古研究所为了解粤
中国西南地区的史前文化面貌，确定对该遗址进行科学发掘，同年国家文化局批发掘执照。2002年11月至2003年1月间，在国家文物局的资助下，广东省文物考古研究所与
湛江博物馆、遂溪县博物馆组队对遂溪鲤鱼墩遗址进行科学发掘，揭露面积629平方米，发现
新石器时代层5层，屈肢葬墓8个，房子2座，遗址出土了陶、石、蚌器一批，大量的、网坠、石锤、石砧、石饼、石拍和贝壳堆积为文物考古研究提供了重要资料。经考古专家多年的考古研究，论证鲤鱼墩遗存年代较早，文化面貌富有特色，是距今7000年至8000年前新石器时代的人类居住遗址。
鲤鱼墩贝丘遗址，不仅是
遂溪县最早的村落遗址，也是
雷州半岛第一村。