侯锡瑾的职业生涯始于1987年至1992年间在
北京大学艺术系担任助教。随后,她在同一机构晋升为讲师,任职时间为1992至1999年。自1999年7月起,侯锡瑾成为北京大学艺术学院音乐学系的副教授,并于2011年8月升任为教授。
侯锡瑾自1997年底以来一直担任北京大学学生合唱团的指挥。在此期间,她与多位专业艺术家进行了广泛的合作,如
戴玉强、魏东、王伟、尼克·史密斯和
聂中明等,这些合作不仅丰富了她的实践经验,也为合唱团的发展提供了宝贵的支持。在她的指导下,合唱团取得了显著的成绩,包括获得全国大学生
中国艺术节合唱比赛
一等奖和北京市合唱比赛一等奖。合唱团还发行了CD专辑《
乘着歌声的翅膀》,展示了每位成员的努力成果。