中国科学院上海巴斯德研究所（以下简称上海巴斯德所）于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2007年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院与法国巴斯德研究所唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。2020年1月2日，中国科学院党组将上海巴斯德所正式纳入直属事业单位的管理序列。 

截至2020年12月31日，研究所共有在职职工151人，博士后47人（含广上联培博士后36人）。其中，正高级专业技术岗位35人，副高级专业技术岗位19人，全体职工与博士后平均年龄36岁，外籍人员占8%。研究所设有生物学、基础医学2个专业一级学科博士研究生培养点，细胞生物学、微生物学、免疫学、病原生物学、生物与医药5个专业二级学科硕士研究生培养点，共有各类硕博研究生196人。

2004年1月28日，在中国国家主席胡锦涛和法国总理拉法兰的见证下，中国科学院副院长陈竺和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基签署了中国科学院与法国巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向书。3月，法国代表团访问中科院。5月，中科院代表团访问巴斯德所。8月30日，中国科学院、上海市人民政府和法国巴斯德研究所在上海签署建立中国科学院上海巴斯德研究所的合作协议。

2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式，法国总统雅克·希拉克、中科院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。

2004年10月11日，中国科学院上海巴斯德研究所揭牌成立。

2005年7月，上海巴斯德所开始运行，第一批4名科学家被聘任为研究组长，并正式在上海巴斯德所建立实验室。

2007年，上海巴斯德所成为中国科技部国际科技合作重点科研机构（试点）。

2009年4月28日，上海巴斯德所病原诊断中心、疫苗研发分中心揭牌成立；7月23日，获中央机构编制委员会办公室批复；9月，入选中国科技部和国家外专局首批“国家级国际联合研究中心”。

2011年2月25日，中科院分子病毒与免疫重点实验室在上海巴斯德所揭牌成立。

2013年4月26日，上海巴斯德研究所新科研大楼建成启用。

2016年起，上海巴斯德所担任巴斯德国际网络亚太区总协调单位。

2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。12月，中国科学院上海巴斯德研究所与南京市麒麟科创园共建“中科院上海巴斯德研究所麒麟创新研究院”。

2019年12月9日，中国科学院党组将上海巴斯德研究所正式纳入直属事业单位的管理序列。这为建设国际一流研究机构、创新改革各项工作顺利开展奠定了坚实基础，为研究所注入发展新动力。

据2018年8月上海巴斯德所官网显示，上海巴斯德所设有病原科学研究中心、免疫学研究中心和疫苗学研究中心，共25个研究单元，建有中国科学院分子病毒与免疫重点实验室。

• 设备仪器

上海巴斯德所建有公共技术服务平台，设5个专业技术中心（实验室），包括生物安全专业实验室、病理模型动物实验中心、生物成像与仪器分析中心、病原发现与大数据中心和生物大分子过程技术中心。

平台拥有冷冻透射电子显微镜、超高速流式细胞分选仪、流式细胞分析仪、激光共聚焦显微镜、激光显微切割仪、基因芯片点样系统、X-射线辐照仪等一批大型精密仪器设备；同时还拥有SPF级动物设施、生物安全二级专业实验室，提供SPF级及感染动物实验设施保障服务。服务领域涉及生物大分子配位化合物/单颗粒超微结构解析、组织和细胞形态学的影像分析、流式细胞分析与分选、蛋白分离纯化与鉴定、抗体疫苗的上游工艺与研发、感染细胞与动物水平实验、基因小鼠制备、生物信息学分析、病原体诊断技术研发和新发传染病病原体分离鉴定等。

• 科技项目

2015年，上海巴斯德所获得科技部973项目1项、重大重点项目9项，并获得美国NIH项目2项。

2006-2016年，上海巴斯德所共申请基金项目314项，获资助122项，平均资助率为39%。资助项目共涉及8个项目类别，其中面上项目63项，青年科学基金项目32项，重点项目4项，重大研究计划项目3项，国际（地区）合作与交流项目15项，国家杰出青年科学基金项目2项，专项基金项目2项，海外及港澳学者合作研究基金项目1项，联合基金项目1项。获得基金委经费支持8345万元，获科技部留所使用经费支持2740万元，国家科技重大专项经费5325万元，其中包含研究所主持的两项“十一五传染病重大专项”的经费。

• 论文发表

2006-2016年，在上海巴斯德所申请获得的基金资助项目中，以上海巴斯德所为第一作者或通讯作者单位发表的SCI论文共计265篇。SCI论文从2006年1篇到2016年61篇，10年增长了61倍，年均增长89.62%。其中发表在大类1区的论文17篇、2区的论文123篇，前两区的论文数占总发表论文的52.8%；其中Top期刊论文73篇，占总SCI论文的36.5%。

2020年，入选“2019年中国百篇最具影响国际学术论文名录”，所属机构论文被引次数57次。

• 科技成果转移

截至2017年底，上海巴斯德所的诺如病毒疫苗、多价手足口病重组疫苗和抗体、新型广谱流感疫苗和治疗性抗体、丙肝病毒广谱中和抗体、抗恶性疟疾新药、ZIKA病毒重组疫苗等一批生物制品技术与产品，实现市场转化和技术许可费用近3亿元。

据2018年8月上海巴斯德所官网显示，上海巴斯德所设有1个博士后科研流动站、1个学术学位一级学科博士点、2个学术学位二级学科博士点、1个学术学位一级学科硕士点、3个学术学位二级学科硕士点、1个专业硕士领域。

据2018年8月上海巴斯德所官网显示，上海巴斯德所共有在学研究生145人（其中硕士生49人、博士生84人，留学生12人），在站博士后15人，与工作站联合培养博士后9人。

上海巴斯德所标识由蓝白黄三色组成，以英文简称IPS变化而来的艺术图案。

• 路易斯·巴斯德价值理念

一个目标：通过研究、教育和公共健康活动，帮助人们抗击疾病——主要是传染性疾病。

高期望值：每一项使命都追求卓越。

以人为本：以人道主义理念，善待别人。

• 上海巴斯德所的使命与目标

三大宗旨：求高水平的研究、积极参与公共健康、致力于科学教育与培训。

聚焦病原菌基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。以解决病原发现、生物治疗（抗体、新型冠状病毒疫苗等）、军民两用的共性瓶颈技术问题为着力点，重点为国家公共卫生与生物安全提供科技支撑和解决方案。

以创新国际合作机制和军民融合机制为契机，目标建成能提供健康与安全科技支撑与解决方案的国际一流新型研发机构，成为标杆式的国际化研究所，为“一带一路”倡议推进提供技术支撑与保障。