深圳市公立医院管理中心曾是深圳市人民政府的直属事业单位。2019年，根据《深圳市机构改革方案》深圳市公立医院管理中心的行政职能被整合至深圳市卫生健康委员会。不再保留深圳市公立医院管理中心。

2013年1月6日，广东省发布“十二五”医改方案，披露今后三年全省医改攻坚的一系列措施。记者从市卫人委了解到，深圳市的“十二五”医改方案也已出台，三年内公立医院改革要取得重大突破，初步建立起现代公立医院管理制度。深圳的公立医院管理中心即将成立，管办分开、政事分开的深层次体制改革即将拉开序幕。

根据省医改方案，要加快推进深圳、珠海市、东莞市公立医院改革试点，拓展深化试点内容，创新体制机制，提高服务质量和运行效率；2012年出台公立医院改革方案，形成改革的基本路径并逐步在全省范围内推广。贯彻国家和省的医改方案，下一步深圳公立医院改革将在医药分开、管办分开、政事分开、营利性和非营利性分开等深层次体制改革上“攻坚克难”。

根据省医改方案，2013年将要成立省公立医院管理局，探索公立医院“管办分开”的实现形式，逐步取消公立医院行政级别。2013年开始，深圳市的公立医院管理体制改革将正式启动。市卫人委将“放权”和“转型”，将工作重点转移到加强医疗卫生发展规划、资格准入、规范标准、服务监管等全行业监管上来，把办医院的职责交给理事会和公立医院管理中心，运营的自主权交给医院。深圳公立医院管理中心的领导班子已经公示，这个新机构即将成立，首先将把市属11家医院纳入统一管理，加强对公立医院人财物运行的监管，加强对政府投入绩效的评估，促进医院提高精细化管理水平。待条件成熟后，全市其他公立医院也将逐步纳入统一管理。

在医药分开改革上，2012年7月1日，深圳市已经在全国率先取消公立医院药品加成，今后三年还将深入推进“1+6”综合改革方案，在完善公立医院补偿机制、推进医疗服务付费制度改革、探索药品采购制度改革、探索建立“平价药房”等方面有“大动作”。

营利性非营利性分开改革也选准了突破口。深圳制定了《深圳市2010－2015年医疗机构设置规划》，严控公立医院的规模，“十二五”期间，规划新增的8家三级医院优先安排社会资本举办。市政府近期将出台《鼓励和引导社会资本高起点办医的实施意见》，进一步细化土地使用、产业扶持、财政补助、人才支持、医保支撑等方面的政策。

1.拟订所属公立医院的资源优化配置方案、改革发展计划、基本管理制度、年度预算、财政资金分配方案、运营管理目标、绩效考核制度等，经批准后组织实施。

2.推进公立医院运营管理机制改革创新，促进所属医院规范医疗服务行为、控制成本费用、提升服务质量；提出医疗服务价格建议

3.按权限负责所属机构领导班子成员的聘任、考核工作；统筹所属医院人才队伍建设等工作。

4.负责监管所属医院国有资产运营使用情况，承担保障国有资产安全责任；向所属医院派驻总会计师，监管其财务运行情况。

5.根据市政府和市卫生行政部门的部署和要求，组织所属医院承担公共卫生服务项目、医疗救护、医疗救助、对口帮扶、重点学科建设、科技攻关以及重大活动期间医疗保障等工作。

6.负责所属医院党群工作、精神文明和行风建设工作，以及医疗纠纷处理、信访维稳工作。

7.探索公立医院药品、医用耗材和设备的招标采购制度改革。

市医管中心将秉承“至诚至实、至精至专”的核心价值，诚爱诚信、求实务实，精益求精、专业专心，努力构建“产权清晰、权责明确、管理科学、运行高效”的公立医院管理体制、运行机制和监管机制，为市民提供优质、高效的基本医疗卫生服务。