林时清原名秀奇。广东广东陆军小学堂第四期、广东陆军速成学校第三期步科毕业。林时清为陈济棠的同学，而且林与陈为拜把兄弟，深得陈信任，是陈主政广东省时的主要助手。

1929年任广东编遣区第三师第六旅十团上校团长，第三军副官处长。1932年任国民革命军第一集团军少将高级参议，兼广州宪兵司令。1933年任广东宪兵司令。1934年任广东军事政治学校副校长。1936年任第四路军独立第一师师长。1937年5月授陆军少将，任广州警备司令部参谋长。抗日战争爆发后，任广东防空委员会委员长，广东第七区人民自卫队委员会副主任兼游击区司令。1941年1月，广东第七区行政督察专员兼保安司令邓挥辞职，林时清接任广东第七区行政督察专员兼保安司令。1947年4月辞职回乡，由甘清池接任七区行政督察专员兼保安司令。次年迁居香港特别行政区。1952年迁居厄瓜多尔，1966年秋在基多病逝。