其父
吴凌云于咸丰十一年(1861)正月初八,在东罗建立延陵国,称延陵王。
咸丰十二年(1862)二月被清政府派兵围攻,相持两月余,凌云突围阵亡,遗部由其长子吴亚终率领,转战左右江。
同治二年(1863)十二月,吴亚终率部抵归顺州郎家圩(今武平乡),时归顺州城已为
灵山县起义军小张三占据,亚终遂上安德,破照阳关入小镇安(今
那坡县)。
同治三年(1864)三月,亚终攻占小镇安城,通判汪桂被俘。七月,亚终、复入归顺荣劳、新圩,近逼觉村(今大觉,环河村属)、巴要(今耀,那耀村属),击败清军左江胜勇营,遂据三台山及峒平一带。
同治四年(1865)正月,亚终、小张三合攻镇安府城,散据左右江天地会党李天锡,延陵国旧部黄崇英等闻阿终复振,群起响应,推亚终为首,小张三为副。攻府城不克,亚终、黄崇英退据郎家圩,李天锡据屯岩,黄付胜据马隘(皆今
德保县属),黄十据三老坡,牛头据坡洪(皆今
田阳区属),刘永福据安德。纷纷攻城夺地,桂西一带为之震动。十一月,
广西巡抚张凯嵩派提督
冯子材道员覃远琏分赴左右江各府州县,规划进攻农民
起义军。
同治五年(1866)正月,守归顺州城客练黄泽宏复变出走,
知州黄羲亭诱抚亚终,这计正
中亚终下怀,受抚入城即变,州城又为起义军占领。四月,亚终分兵北进,小张三率4万余众直驱西林。五月,北进起义军分三路,一路黄崇英率领扎剥隘,一路小张三率领扎谷拉,一路石同平率领扎十三寨(皆今云南
富宁县属)。七月,黄崇英部袭据
潞城区(今田林县属)。八月,石同平部据西林者亭,击毙团练头王日恒、汤民信。九月,黄崇英部攻占泗城府城(今
凌云县县),
知府陈埏自杀,凌云知县刘琢因防守不力被革职,广西云南交界大部地区为亚终势力控制。九月,左江
道员覃远进率军入归顺,派中府张士安扎化峒,游击马正龙扎那足,营务蒲荫枚扎枯冯(今
新圩乡属),通判叶茂松代理
知州在那足接印。十一月,泗城府城为右江镇总兵李士恩、黄仲庆和同知朱腾伟攻陷,黄崇英退走
百色市与小张三会合,清军移营
奉议县(今
田阳区),规取归顺州吴亚终,亚终闻小张三移军百色,即弃归顺率部到剥隘,联合六冲、八角山
起义军,与小张三等合攻百色城,总兵李士恩、黄仲庆,同知朱腾伟等星夜率队到百色救援,与
湘军解百色之围。十二月,亚终、小张三退据
镇安府都安瑶族自治县,被清援军围困,亚终分兵佯攻府城,清军撤回守城,解了都安之围。
同治六年(1867)二月,亚终移扎马隘,小张三仍据都安。四月,亚终复入归顺新圩。以龙临三台山、安德为据点,分驻城东郎家圩,城北新圩,城南旧州、鲁利等圩,互为犄角,纵横数百里,同治七年三月,清军夺取天保(今
德保县)旺峒、陇峒后进攻郎家圩,小张三退据州城,在城外筑营30余座,清军亦环营于外围困,双方激战数日,小张三战死。州城复为清军攻陷,亚终仍据三台、安德。五月,清军
冯子材督带全军进扎归顺,进攻三台山。此时
起义军外围重要据点已被清军占领,孤军难守,亚终退守三角塘(今三合乡)。六月,归顺州全为清军占领,亚终弃安德入
越南牧马袭据高平后,由部将驻守。亚终率部回师
太平府,破龙州俸村、下栋入
凭祥市,横亘200余里,众数万。
同治八年(1869)九月,越南国王请援,清政府派冯子材统率大军由镇南关(今友谊关)入越南,驻节
谅山省,令总兵谢继贵副将吴天兴分兵两路夹攻起义军。亚终率部奔
左州镇(今
崇左市县属),后败退那宥战亡,其母、妻、叔运麟,子复兴及部将彭元龙、黄建新被俘,均被杀害。吴亚终战亡后其余部投黄旗军黄崇英和
黑旗军刘永福在中越边坚持抗斗,直至
中法战争爆发前夕。