次年秋元
丞相脱脱率重兵来攻,徐州失守,全城惨遭屠杀。一月后,他被俘,在
雄县(今河北雄县)就义,也有说他逃跑后,削发为僧。
关于
红巾军起义领袖芝麻李的下落,历史上存在几种不同的说法,一是遁逃、二是先遁逃后被杀、三是死于徐州、四是走死。这几种说法在《元史·顺帝本纪》《
庚申外史》《
明氏实录》《平夏录》《
罪惟录》《明史·太祖本纪》等中有相应的记载。
任崇岳在《元末农民起义领袖芝麻李下落考》一文综合诸书的记载分析认为除了“死于
徐州市”这一说法外,其他三种说法都没有否认芝麻李从徐州逃出的事实。此外,明朝人
杨仪在《垄起杂事》中记载一段关于芝麻李的轶事,根据他的说法,芝麻李逃出徐州后削发为僧了。这段轶事算是给芝麻李补写了人生的结局。