印日本医大站于2000年(平成12年)7月22日开业,当时属于印旛郡印旛村。同年入选关东车站百选(第四回)。2004年(平成16年)7月1日,站房等建筑物由千叶新市镇铁道接收。2010年(平成22年)3月23日,印旛村编入印西市,所在地变为印西市。同年7月17日,成田机场线(成田Sky Access线)开业,本站成为京成电铁共用车站。
北总铁道在2016年度的1日平均上下车人次为4,161人。京成电铁在2016年度的1日平均上下车人次为1,206人,京成线69站中排名第68位,仅高于京成本线大佐仓站。此数值仅计算Access特急上下车人次。