福建省环境保护厅曾是省人民政府的组成部门。2018年，根据《福建省省级机构改革实施方案》，组建福建省生态环境厅，不再保留福建省环境保护厅。

（一）取消已公布取消的行政审批事项。

（二）将原省环境保护局的职责划入省环境保护厅。

（三）加强环境政策、规划和重大问题的统筹协调职责；加强环境治理和对生态保护的指导、协调、监督的职责；加强落实全省减排目标、环境监管的职责。

（一）负责建立健全环境保护基本制度。贯彻执行国家有关环境保护工作的法律、法规和政策，起草环境保护地方性法规、政府规章和政策并监督实施。组织编制环境功能区划；组织拟订全省环境保护地方标准、基准和技术规范；组织拟订并监督实施重点区域、流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划；会同有关部门拟订并组织实施重点海域污染防治规划；参与制定全省主体功能区划。

（二）负责重大环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理；指导、协调地方政府重特大突发环境事件的应急、预警工作；协调处理有关跨设区市的环境污染问题；统筹协调全省重点流域、区域、海域污染防治工作；指导、协调和监督海洋环境保护工作。

（三）承担落实全省减排目标的责任。组织实施和监督主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；督查、督办、核查各地污染物减排任务完成情况；实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。

（四）负责有关环保专项资金的管理工作。参与指导和推动循环经济和环保产业发展。

（五）承担从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。受省政府委托，对我省重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；对涉及环境保护的法律法规草案提出有关环境影响方面的意见；按国家规定审批重大开发建设区域、项目环境影响评价文件。

（六）负责环境污染防治的监督管理。制定地方水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理制度并组织实施；会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作；组织指导城镇和农村的环境综合整治工作。

（七）指导、协调、监督生态保护工作。拟订并组织实施全省生态保护规划；组织评估生态环境质量状况；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。指导、协调、监督各类自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护工作；指导、协调农村生态环境保护；监督生物技术环境安全；牵头生物物种（含遗传资源）工作，组织协调生物多样性保护。

（八）负责核安全和辐射安全的监督管理。拟订并组织实施有关政策、规划、标准；参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；监督管理核设施安全、放射源安全；监督管理核设施、核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理。

（九）负责环境监测和信息发布。制定环境监测制度和规范；组织实施环境质量监测和污染源监督性监测；组织对环境状况进行调查评估、预测预警；组织建设和管理全省环境监测网和环境信息网；建立和实行环境质量公告制度；统一发布全省环境综合性报告和重大环境信息。

（十）开展环境科技工作。组织环境保护重大科学研究和技术工程示范；推动环境技术管理体系建设。

（十一）开展环境保护对外交流合作。组织协调有关环境保护国际条约的履约工作，参与处理涉外环境保护事务。

（十二）开展环境宣传教育工作。组织指导和协调环境保护宣传教育工作，制定并组织实施环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；推动社会公众和社会组织参与环境保护。

（十三）承办省委、省政府交办的其他事项。

根据上述职责，省环境保护厅设11个内设机构：

（一）办公室（对外合作处）

协调厅机关和直属单位工作，督促重大事项的落实；负责厅机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、统计、信访、政务公开、新闻发布和机关内部规章制度建设等工作；起草重要文件、文稿；负责厅机关国有资产管理、效能建设和环保宣传教育工作，组织信息化建设。承担环境保护国际合作交流和对港澳台合作交流工作，承办有关环境保护国际条约的履约工作，参与处理涉外的环境保护事务。

（二）政策法规处

拟订环境保护地方性法规和政府规章草案并组织实施；承担本厅行政复议、行政处罚、行政赔偿和应诉等工作；组织环境保护执法检查，参与重大环境污染事故的调查处理；负责本厅有关规范性文件的合法性审核；检查环境保护地方性法规和政府规章落实情况，考核市、县（区）政府环境保护工作。

（三）规划财务处

组织编制并实施全省环境保护与生态建设规划，审核环境保护专项规划以及综合性规划中的环境保护内容；管理有关环境保护项目、资金，配合有关部门做好组织实施和监督工作；承担直属单位国有资产管理、内部审计工作。

（四）科技监测处

拟订并实施环境保护科技政策、规划、计划，组织环境保护重大科技攻关和重大技术工程示范；指导清洁生产、参与推动循环经济和环保产业发展等相关工作；负责环境保护设施运营单位资质预审；拟订环境保护地方标准和环境监测制度、规范并组织实施。指导全省环境监测网建设、队伍建设和业务工作；组织编制和发布全省环境状况公报等环境信息。

（五）污染物排放总量控制处

根据国家和省里要求，提出实施总量控制的污染物名称和控制指标，组织实施全省主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；拟订并组织实施全省污染减排规划、计划，承担减排监督核查工作；负责环境统计和污染源普查工作。

（六）环境影响评价处

组织实施建设项目环境保护“三同时”制度；承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；依法负责环境影响评价机构资质和相关职业资格的管理；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地方，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目环境影响评价文件的工作。

（七）污染防治处

组织开展地方环境形势综合分析研究；监督管理全省大气、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品以及机动车的污染防治；组织实施城市环境综合整治和危险废物环境管理、重点区域环境整治和重点污染源限期治理。协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导地方政府重特大突发环境事件的应急、预警工作，协调解决跨区域环境污染纠纷。

（八）自然生态保护处

组织实施自然生态保护规章和政策；组织编制全省自然保护区规划；提出新建的省级自然保护区相关方面的审批建议；对全省自然保护区的保护工作进行监督；监督自然资源开发活动中的环境保护；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治，协调和监督湿地环境保护工作；组织拟订生物多样性保护计划；管理生物技术环境安全；指导、协调和监督全省农村生态环境保护工作。

（九）水环境监督管理处

拟订和监督实施水污染防治的政策与法规；负责全省地表水环境功能区划分工作；组织实施全省饮用水水源保护区划定工作；会同有关部门制定全省饮用水水源地环境保护规划和重点流域水污染防治规划，监督检查规划实施情况；组织实施重点流域跨设区市界水质考核评估；牵头调查处理全省重大地表水环境污染事故；指导、协调和监督海洋环境保护工作。

（十）核与辐射监管处

承担核安全、辐射环境安全、放射性废物管理工作；参与起草核与辐射安全监督管理的地方性法规和规范性文件；参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理；承担省核电应急委员会办公室的具体工作；负责有关条约实施工作。

（十一）人事处

负责厅机关和直属单位的机构编制、人事管理等工作；编制全省行业人才队伍建设规划并组织实施；承担环境保护系统领导干部双重管理的有关工作；承担并指导地方环境保护行政体制改革的有关工作；负责厅机关离退休干部工作。

机关党委

负责厅机关和直属单位的党群工作。